| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,373,622 | A→C | intergenic (‑84/+26) | pmrD ← / ← menE | inactive two‑component system connector protein/O‑succinylbenzoate‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,373,622 | 0 | A | C | 98.5% | 445.6 / ‑1.8 | 130 | intergenic (‑84/+26) | pmrD/menE | inactive two‑component system connector protein/O‑succinylbenzoate‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base C (75/53); total (77/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTCC > NC_000913/2373526‑2373717 | gcAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAAt < 2:2574198/99‑1 (MQ=255)ccAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAAt > 2:74869/1‑100 (MQ=255)ccAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAAt > 1:1332932/1‑100 (MQ=255) cAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATg > 2:1547793/1‑100 (MQ=255) aGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATga < 1:3925586/100‑1 (MQ=255) aGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATga > 2:3293394/1‑100 (MQ=255) ccattccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGCAATGGCAGCAATgaga < 2:3870388/100‑1 (MQ=255) cattccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGaa > 1:556374/1‑100 (MQ=255) cattccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGaa < 2:1128639/100‑1 (MQ=255) attccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAg > 2:3496387/1‑100 (MQ=255) attccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAg > 1:1530394/1‑100 (MQ=255) attccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCCTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAg < 2:3693576/100‑1 (MQ=255) ttccattGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGt < 1:1560746/100‑1 (MQ=255) ttccattGCATTATCCTGTTTACTACGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGt < 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1:2417411/1‑100 (MQ=255) tGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAat < 2:2598545/100‑1 (MQ=255) gTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAatt > 2:2529120/1‑100 (MQ=255) gTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAatt < 1:400429/100‑1 (MQ=255) tGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAattatt > 1:363398/1‑100 (MQ=255) tGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAattatt > 1:1334308/1‑100 (MQ=255) cTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGc < 1:2900449/100‑1 (MQ=255) cTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGc < 1:1464415/100‑1 (MQ=255) tAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCt > 2:280704/1‑100 (MQ=255) agagTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGa > 2:3108581/1‑100 (MQ=255) gTTTTCACATCCATTTACCGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGt < 2:513400/100‑1 (MQ=255) gTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGt > 2:2136850/1‑100 (MQ=255) cttgtCACATCAATTCCCAGATTAACAGATAAACTCTTTAACAACGGCCATGGAATGTGAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGt < 2:3616957/96‑1 (MQ=255) ttttCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGtt > 2:159293/1‑100 (MQ=255) tttCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTg > 2:3927719/1‑100 (MQ=255) ttCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGc < 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tCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCAc < 1:2728377/100‑1 (MQ=255) tCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCAc < 1:2568450/100‑1 (MQ=255) aTTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCActct < 1:511857/100‑1 (MQ=255) ttACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCttt > 2:800373/1‑100 (MQ=255) cAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAg > 1:663697/1‑100 (MQ=255) aGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAgc > 2:2294735/1‑100 (MQ=255) gATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAgcg > 1:1763829/1‑100 (MQ=255) gATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAgcg < 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tggCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCt < 1:921638/100‑1 (MQ=255) ggCAGCAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTc > 1:2056325/1‑100 (MQ=255) gcagcaATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCTGCTcc > 2:1229146/1‑100 (MQ=255) gcagcaATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTcc < 1:2525971/100‑1 (MQ=255) | CCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTCC > NC_000913/2373526‑2373717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |