| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,424,497 | T→G | K5Q (AAA→CAA) | hisP ← | histidine ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,424,497 | 0 | T | G | 99.1% | 381.4 / ‑5.4 | 109 | K5Q (AAA→CAA) | hisP | histidine ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (53/54); total (54/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GATGATGCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTTATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAGGACATAA > NC_000913/2424399‑2424592 | gatgatGCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTTa < 2:3673519/100‑1 (MQ=255) atgatgCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGAt < 2:1152607/100‑1 (MQ=255) gatgCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATtc < 1:2716844/100‑1 (MQ=255) tgCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATtctc < 1:1747009/100‑1 (MQ=255) tgCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATtctc < 1:179966/100‑1 (MQ=255) tgCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATtctc < 1:1941219/100‑1 (MQ=255) cTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCgg < 1:3395361/100‑1 (MQ=255) cTTATTACATCTCCGGCACTAGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCgg < 1:3827033/100‑1 (MQ=255) tattaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGAc > 1:2855588/1‑100 (MQ=255) tattaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGAc > 1:489318/1‑100 (MQ=255) tattaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGAc < 1:567082/100‑1 (MQ=255) attaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACa < 1:3154293/100‑1 (MQ=255) attaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGGTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGAGAACGTTTAATTGGTTCTCGGACa > 2:296672/1‑100 (MQ=255) attaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCATTTCAGCACTTCATGTTCACCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACa > 2:3691939/1‑100 (MQ=255) ttaCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACAt > 1:969963/1‑100 (MQ=255) aCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCCCGGACATCg < 1:3983832/100‑1 (MQ=255) aCATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCCCGGACATCg > 2:1882986/1‑100 (MQ=255) caccGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTAAGCCCGTCATGTTATCCGTAGCGTTTGTACAAATCGATAACGTTCCTTTCATTATCGGACTTCGTAtt > 2:1791152/3‑100 (MQ=255) tcCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTCCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATtc > 2:2917096/1‑100 (MQ=255) cGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATtctc < 2:1251567/100‑1 (MQ=255) ggCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCa < 1:527503/100‑1 (MQ=255) gCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAg > 2:1222155/1‑100 (MQ=255) gCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAg < 1:381830/100‑1 (MQ=255) gCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAg < 1:1065821/100‑1 (MQ=255) ccctCGCCTGCCGTCATACGCCTTTCCGCACGTCGTTTTCGCCCTAGCGCTTGGGCAAATCGACTACGATTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGt > 2:2235255/4‑100 (MQ=255) aTTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAGATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTg > 1:1544124/1‑100 (MQ=255) aTTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTg < 2:3616421/100‑1 (MQ=255) ttCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGTACATCGTAGTCTCAGTGc > 2:2606061/1‑100 (MQ=255) gCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAGTCGATAACGTTTAATTGATTCGCGGACATCGTATGCTCAGTGCGtt > 1:2456453/1‑100 (MQ=255) gCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGtt < 2:2005480/100‑1 (MQ=255) gCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGtt < 2:3080334/100‑1 (MQ=255) gCAGTGATACCCCTTTCAACACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTgaag > 2:714628/1‑100 (MQ=255) cAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTgaaga < 1:2003608/100‑1 (MQ=255) cAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTgaaga > 1:2045189/1‑100 (MQ=255) cAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTgaaga < 1:3535368/100‑1 (MQ=255) ccccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTca > 2:322430/1‑100 (MQ=255) cccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcac < 1:89599/100‑1 (MQ=255) cccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcac < 1:2913811/100‑1 (MQ=255) cccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcac < 2:1548911/100‑1 (MQ=255) cccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCCCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcac < 1:1913490/100‑1 (MQ=255) cccTTTCAACACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcac < 1:729941/100‑1 (MQ=255) ccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcaca > 2:142458/1‑100 (MQ=255) ccTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTcaca > 2:3858458/1‑100 (MQ=255) cTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAt > 2:713566/1‑100 (MQ=255) cTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAt > 2:1105722/1‑100 (MQ=255) cTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAt > 2:3916867/1‑100 (MQ=255) ttCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAtgc > 2:115742/1‑100 (MQ=255) tCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAtgct < 1:2996936/100‑1 (MQ=255) cAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAtgctg > 1:2351740/1‑100 (MQ=255) aGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAAGTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACAtgctgc < 2:1536603/100‑1 (MQ=255) cTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAAcc < 2:3883841/100‑1 (MQ=255) cTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAAcc < 2:1575228/100‑1 (MQ=255) cTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAAcc > 1:1812754/1‑100 (MQ=255) cTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAAcc < 2:1426570/100‑1 (MQ=255) cTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAAcc > 1:992634/1‑100 (MQ=255) cTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAAcc > 1:2833052/1‑100 (MQ=255) gaTGTTGGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGATATCGTATTCTCATTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGc > 2:1594260/2‑100 (MQ=255) cATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGc < 2:1924415/100‑1 (MQ=255) cATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGc > 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tCGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTg < 1:1441478/100‑1 (MQ=255) cGATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGa < 1:1802727/100‑1 (MQ=255) gATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGATTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGAt > 1:1859023/1‑100 (MQ=255) gATAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCGCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGAt > 1:2054278/1‑100 (MQ=255) aTAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATc < 2:2960493/100‑1 (MQ=255) tAACGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCACAGTGCGTCGAAGAAGGGTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCa > 2:690206/1‑100 (MQ=255) aaCGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAg < 1:3459021/100‑1 (MQ=255) aCGTTTAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAgg > 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ttAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAGGACAt > 1:2311185/1‑100 (MQ=255) ttAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGCTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAGGACAt > 2:3688699/1‑100 (MQ=255) tAATTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAGGACATa < 1:2767420/100‑1 (MQ=255) aaTTGATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAGGACATaa > 2:2380713/1‑100 (MQ=255) | GATGATGCTTATTACATCTCCGGCATTCGCTTGCAGTGATACCCCTTTCAGCACTTCATGTTCGCCGTAGCGTTTGTGCAAATCGATAACGTTTAATTTATTCTCGGACATCGTATTCTCAGTGCGTTGAAGAAGGTTTCACATGCTGCAACCAGCGTTTTTCCGCTCTGCGAAAGAGGCTGATCAGGACATAA > NC_000913/2424399‑2424592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |