| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,483,809 | T→G | L19V (TTA→GTA) | evgA → | response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,483,809 | 0 | T | G | 90.7% | 439.2 / 21.0 | 152 | L19V (TTA→GTA) | evgA | response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/8); new base G (55/82); total (61/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CTACAGGGAGAAGGGAGATGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCAT > NC_000913/2483712‑2483903 | acAGGGAGAAGGGAGATGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTAtt > 2:1365568/1‑100 (MQ=255) cAGGGAGAAGGGAGATGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTg < 1:1408753/100‑1 (MQ=255) agggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGa < 1:3965312/100‑1 (MQ=255) gggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGTAGCAATTCGTAATGTATTGAt < 1:1928062/100‑1 (MQ=255) gggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGAt > 2:38294/1‑100 (MQ=255) gggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGAt > 2:1535271/1‑100 (MQ=255) gggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGAt > 1:3557582/1‑100 (MQ=255) ggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATc > 1:3535758/1‑100 (MQ=255) ggagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGCAATAATCTATGAACGCAATAATGATGGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATc < 2:140111/100‑1 (MQ=255) gagaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGATCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTAttattca < 2:3382390/100‑6 (MQ=255) agaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCaa < 1:1874254/100‑1 (MQ=255) gaagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCaaa > 1:3703451/1‑100 (MQ=255) aagggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCaaaa > 1:917943/1‑100 (MQ=255) gggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAAc > 2:3038932/1‑100 (MQ=255) gggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAAc < 2:148338/100‑1 (MQ=255) gggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCCATGAACGCAATAATGATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATTACAAAc < 2:3766118/100‑1 (MQ=255) ggagaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACg < 2:5745/100‑1 (MQ=255) agaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGat < 1:3846029/100‑1 (MQ=255) gaTGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGata < 1:631260/100‑1 (MQ=255) tGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATAtt < 1:2895775/100‑1 (MQ=255) tGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAACTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATAtt > 2:3576721/1‑100 (MQ=255) 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1:3015720/100‑1 (MQ=255) gCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTa > 2:3068353/1‑100 (MQ=255) gCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTa > 2:1274296/1‑100 (MQ=255) gCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTa < 2:2223869/100‑1 (MQ=255) gCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAAAAATTATTGATGACCATCATATTGCTATAGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGAAATTGAAATCTTa > 2:2619280/1‑100 (MQ=255) cAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAg < 1:1018027/100‑1 (MQ=255) cAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAg < 1:1771113/100‑1 (MQ=255) aaaGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGc > 2:3666417/1‑100 (MQ=255) 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1:460862/1‑100 (MQ=255) ggAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCagag < 2:411365/100‑1 (MQ=255) gAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGCGt < 1:2246432/100‑1 (MQ=255) ataatGTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCTCATCAATTCGTAATGTATTGATACAAAACGATATTGAAATCTTATCcgagctt > 2:3515116/1‑97 (MQ=255) aatCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGAc < 1:1344601/100‑1 (MQ=255) atCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACt < 2:2127712/100‑1 (MQ=255) atCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACt < 1:38960/100‑1 (MQ=255) atCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACt < 1:2912117/100‑1 (MQ=255) 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2:1453382/1‑100 (MQ=255) gCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGaa < 1:153791/100‑1 (MQ=255) cAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAg > 2:3282735/1‑100 (MQ=255) cAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAg > 1:1295839/1‑100 (MQ=255) cAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAg < 2:3506254/100‑1 (MQ=255) aataatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGt > 1:235304/1‑100 (MQ=255) taatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGc > 1:3766032/1‑100 (MQ=255) taatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGCGGTGACTGAAGGCGGAAGTGc < 1:3483855/100‑1 (MQ=255) taatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGc < 2:2533704/100‑1 (MQ=255) aatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGcc < 1:2891828/100‑1 (MQ=255) aatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGcc < 1:2540802/100‑1 (MQ=255) aatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGcc < 1:1624850/100‑1 (MQ=255) aatTATTGATGACCATCCTCTGGCTATCGTAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGcc < 2:2979090/100‑1 (MQ=255) attattGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCg < 2:3597731/100‑1 (MQ=255) tattGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGtt < 2:836095/100‑1 (MQ=255) tattGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGtt > 1:2223755/1‑100 (MQ=255) attGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTc > 1:1428726/1‑100 (MQ=255) attGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTc < 1:3493068/100‑1 (MQ=255) tgatgaCCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAg > 1:85105/1‑100 (MQ=255) aCCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTAGTGATCAAAAACGATGTTGAAAGGTTAGCAGAGTTAACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCTGCGGGt < 2:3065835/100‑1 (MQ=255) ccATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTg < 2:2968855/100‑1 (MQ=255) aTCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGa < 2:3698192/100‑1 (MQ=255) ctctTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAac > 1:1143602/1‑100 (MQ=255) tctTGCTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAaca > 2:2779744/1‑100 (MQ=255) cTATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTaa > 2:1870886/1‑100 (MQ=255) tATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAg < 2:1909291/100‑1 (MQ=255) tATCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAg > 2:3980924/1‑100 (MQ=255) tCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGcc < 1:1644128/100‑1 (MQ=255) tCGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGcc > 1:2164952/1‑100 (MQ=255) cGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCt > 1:1685034/1‑100 (MQ=255) cGCAGCAATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCt > 1:3683110/1‑100 (MQ=255) gcagcaATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTg > 1:145254/1‑100 (MQ=255) gcaATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGata > 1:606301/1‑100 (MQ=255) gcaATTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGata > 1:2424215/1‑100 (MQ=255) aTTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCg < 1:2588930/100‑1 (MQ=255) aTTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCg < 1:1949251/100‑1 (MQ=255) aTTCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCg < 2:2206072/100‑1 (MQ=255) aTTCGTAATGTATTGAGCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGGGGAAACACTTAAGCCTGATATCg > 1:1792569/1‑100 (MQ=255) tCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGtc < 1:2282298/100‑1 (MQ=255) tCGTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGtc < 2:126264/100‑1 (MQ=255) cGTAATGTATTGATCAAAAACGATAGTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGtca < 2:3372540/100‑1 (MQ=255) gTAATGTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGtcat < 1:3765268/100‑1 (MQ=255) | CTACAGGGAGAAGGGAGATGCTTCATTGCAAAGGGAATAATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCAT > NC_000913/2483712‑2483903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |