| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,772,145 | T→G | pseudogene (10/153 nt) | yfjU ← | CP4‑57 prophage; conserved protein;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,772,145 | 0 | T | G | 95.7% | 522.4 / 11.0 | 163 | pseudogene (10/153 nt) | yfjU | CP4‑57 prophage; conserved protein;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base G (81/73); total (85/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATGCC > NC_000913/2772048‑2772241 | tCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGt < 2:330625/100‑1 (MQ=255)tCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGt < 1:1011028/100‑1 (MQ=255) cGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGGTGTGATAGATGGTAAGGtt > 1:728217/1‑100 (MQ=255) gagaTAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTg < 1:2528287/100‑1 (MQ=255) agaTAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGc > 2:821983/1‑100 (MQ=255) agaTAATTAATTATTGTCGGTGCGTTGCCGTTGTTATGAAGCTTCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGc < 2:595052/100‑1 (MQ=255) 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1:3702836/1‑100 (MQ=255) ttgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACag < 1:3109048/100‑1 (MQ=255) ttgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACag < 1:1033166/100‑1 (MQ=255) tgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACaga < 1:1704791/100‑1 (MQ=255) tgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACaga > 2:3337193/1‑100 (MQ=255) gttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACagag < 2:2551277/100‑1 (MQ=255) tATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACagagag < 2:2058294/100‑1 (MQ=255) aTGAAGCATCTCCAGCGTGTTCCGTGTGGTGCCACAGGCGGGGTTATGATAGATGGTAAGGTTGCTCATAGCAGTCTCTAATTACAAAGTGACAGAGAgc < 1:3808290/100‑1 (MQ=255) 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ggTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATg > 2:1828623/1‑100 (MQ=255) ggTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATg > 1:659505/1‑100 (MQ=255) ggTAAGGTTGCTCATACCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATg < 2:2391854/100‑1 (MQ=255) gTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATGc > 1:2383323/1‑100 (MQ=255) | TCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATGCC > NC_000913/2772048‑2772241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |