| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,014,506 | T→G | Q184H (CAA→CAC) | yqeC ← | putative selenium‑dependent hydroxylase accessory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,014,506 | 0 | T | G | 99.3% | 495.8 / ‑5.1 | 148 | Q184H (CAA→CAC) | yqeC | putative selenium‑dependent hydroxylase accessory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (67/80); total (67/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GAGAAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATG > NC_000913/3014409‑3014598 | agaAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGc > 1:560120/1‑100 (MQ=255) agaAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGGTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCCGGTGc > 1:868898/1‑100 (MQ=255) agaAAAACGGTTAATGAACAAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGc > 2:3565769/1‑100 (MQ=255) gaAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCa > 2:2535302/1‑100 (MQ=255) aaaaCGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAg > 2:519448/1‑100 (MQ=255) aaaCGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTTAGGTGCAAgg < 1:62035/100‑1 (MQ=255) cGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCCAAGGTGCAAGGTTg > 2:3435823/1‑100 (MQ=255) ggTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGttcc > 1:4061264/1‑98 (MQ=255) ggTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGc < 1:907902/100‑1 (MQ=255) gTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCa < 2:719818/100‑1 (MQ=255) tAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGCACGTCTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACAAGCGCCACGAGATCGCTCAGGTGAAAGGTTGCATc > 2:144262/1‑100 (MQ=255) gggAACCAGACTCGCCGACGACCTTGCGGTACGTTTTTAGACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAg < 2:2320025/98‑1 (MQ=255) aTGAACCAGACTTGCGCACAACCCTGCGGTACCTTTTTAAACGCACCCGGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGGTCAGGCGCGAGGTGGCATAAg > 2:2457575/1‑100 (MQ=255) tGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAgg < 1:632953/100‑1 (MQ=255) gAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTCCATCAGgt > 1:3120272/1‑100 (MQ=255) aaCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGgtg < 2:1107751/100‑1 (MQ=255) aaCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGgtg > 2:1328856/1‑100 (MQ=255) aCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGgtgt > 2:2142031/1‑100 (MQ=255) aCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGgtgt < 2:3483920/100‑1 (MQ=255) ccAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGtt < 1:3058305/100‑1 (MQ=255) cAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTa < 2:2163650/100‑1 (MQ=255) cAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTa > 2:395081/1‑100 (MQ=255) gACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAc < 1:2666652/100‑1 (MQ=255) aCTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAcc < 2:3798330/100‑1 (MQ=255) cTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAccc > 1:2516396/1‑100 (MQ=255) cTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAccc > 2:2592475/1‑100 (MQ=255) cGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCACCGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCgg < 1:3470623/100‑1 (MQ=255) cGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCgg < 2:2804339/100‑1 (MQ=255) ccGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTa < 1:538934/100‑1 (MQ=255) gACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAat < 1:2927212/100‑1 (MQ=255) gACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAat < 1:2050359/100‑1 (MQ=255) cAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCACGTCTTACCCCCGTAatag > 1:1992504/1‑99 (MQ=255) aaCCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATc < 2:1154125/100‑1 (MQ=255) aaCCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATc < 1:750959/100‑1 (MQ=255) aaCCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATc < 2:176705/100‑1 (MQ=255) aCCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCCCAGGGGCAAGGTTGCATCAGGCGTTAACCCGGTAATATcg > 1:375075/1‑99 (MQ=255) ccgtGCGGTACGTTTTGAAACGCCGCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAg < 2:1226546/97‑1 (MQ=255) ccTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAg > 2:228575/1‑100 (MQ=255) cTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGc < 2:904880/100‑1 (MQ=255) cGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAAc < 1:2162738/100‑1 (MQ=255) gTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTg < 1:1875557/100‑1 (MQ=255) cGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATCTCCGCCCACTGCGa > 1:3041307/1‑100 (MQ=255) cGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGa > 1:1790713/1‑100 (MQ=255) cGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGACTCAACCCGGTAATATCCGCATACGGctc > 1:1505/1‑98 (MQ=255) gTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGAGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGAc > 2:77539/1‑100 (MQ=255) tttttAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGAcc < 2:518678/100‑1 (MQ=255) ttttAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCa > 2:410054/1‑100 (MQ=255) ttttAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCa > 2:1548097/1‑100 (MQ=255) tttAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAg > 2:1328542/1‑100 (MQ=255) aaaCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGa > 2:1214013/1‑100 (MQ=255) aaaCACCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGGTGCATCAGGTGATAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGa > 1:4061579/1‑100 (MQ=255) gccacccTCAGGG‑GGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGa > 2:1900777/5‑100 (MQ=255) cGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATgg > 2:2067772/1‑100 (MQ=255) cGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGCTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATgg > 2:3331048/1‑100 (MQ=255) cccccTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGAc < 2:392155/100‑1 (MQ=255) cccTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTGCGCCGGTAATATCAGCCCACTCCTTCCAGCCATGGCCAt > 1:689676/1‑100 (MQ=255) cccTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTCAACCCGGTAATATCATCCCACTCCGACCAGCTACGGCCAt > 1:81285/1‑100 (MQ=255) cTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACAttt < 1:3548277/100‑1 (MQ=255) tGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACAtttt < 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2:1083859/100‑1 (MQ=255) aaCGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGccc < 1:232291/100‑1 (MQ=255) aCGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCa > 1:2592177/1‑100 (MQ=255) aCGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCa > 2:3259718/1‑100 (MQ=255) aCGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCa < 1:3973503/100‑1 (MQ=255) cGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCaa < 2:2455231/100‑1 (MQ=255) aTCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTa < 1:3314116/100‑1 (MQ=255) aTCGCTCAGGTGCAAGGTTACATCATGTCTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGTACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTa < 2:275706/100‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTAt < 2:2248504/100‑1 (MQ=255) cGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATg > 2:1461385/1‑100 (MQ=255) cGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATg < 1:1301252/100‑1 (MQ=255) cGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATg < 1:1851393/100‑1 (MQ=255) | GAGAAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATG > NC_000913/3014409‑3014598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |