| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 313,275 | T→G | intergenic (‑33/+441) | ykgR ← / ← ykgP | uncharacterized protein/pseudogene, oxidoreductase family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 313,275 | 0 | T | G | 98.7% | 515.1 / ‑2.4 | 149 | intergenic (‑33/+441) | ykgR/ykgP | uncharacterized protein/pseudogene, oxidoreductase family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base G (66/80); total (69/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
ATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATT > NC_000913/313178‑313371 | aTTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCg < 2:758222/100‑1 (MQ=255) tGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTa > 1:1528920/1‑100 (MQ=255) tGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTa > 1:2471473/1‑100 (MQ=255) gCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTaa > 1:938718/1‑100 (MQ=255) cGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAg > 1:2520026/1‑100 (MQ=255) cGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAg < 2:673623/100‑1 (MQ=255) cGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAg < 2:129221/100‑1 (MQ=255) cGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAg > 1:2301082/1‑100 (MQ=255) cGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAg > 1:2301313/1‑100 (MQ=255) aaaaaCAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGcc < 1:2955315/100‑1 (MQ=255) aaaCAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCt < 1:790107/100‑1 (MQ=255) aacaacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCtt < 2:1656274/100‑1 (MQ=255) caacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtat > 1:329086/1‑100 (MQ=255) aacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtata > 1:3333266/1‑100 (MQ=255) ttAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATataaataa > 1:1257340/1‑100 (MQ=255) tAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAAc > 1:2636404/1‑100 (MQ=255) aaTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACg < 2:821553/100‑1 (MQ=255) aaTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACg < 2:3927112/100‑1 (MQ=255) aTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGa > 2:2313856/1‑100 (MQ=255) tCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAg > 2:2312960/1‑100 (MQ=255) gTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGttt > 1:3286549/1‑100 (MQ=255) gTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGttt < 2:640716/100‑1 (MQ=255) gTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAACTGCCCTTATATAAATAACGAGttt > 2:1440943/1‑100 (MQ=255) ttATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTgg < 1:559599/100‑1 (MQ=255) tATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGt < 1:1216714/100‑1 (MQ=255) aTGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTc < 2:2495764/100‑1 (MQ=255) tGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCa > 1:2240026/1‑100 (MQ=255) gACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCaa > 1:416446/1‑100 (MQ=255) cTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAAcc < 2:2057910/100‑1 (MQ=255) cTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAAcc > 2:979016/1‑100 (MQ=255) cTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAAcc > 2:4002916/1‑100 (MQ=255) tGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCa > 2:2626048/1‑100 (MQ=255) gATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCaa > 1:38695/1‑100 (MQ=255) gATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCaa > 1:2825250/1‑100 (MQ=255) ttGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAAttt < 2:1991952/100‑1 (MQ=255) tGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAAtttt > 1:610357/1‑100 (MQ=255) gCTGTACTTCATTATCTTTCATTGGTACTTAGTCGCTTTAAAAAAGATTGAACTGCGTAAGTGCACTTATATAGATAACGAGGTTGGTGAACGAAttttt > 2:583808/1‑100 (MQ=255) gCTGAACTTTATTGTCTTTCATTGGTACTTACTAGAGTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGTCCTTATATTAATAACGAGGTTGGTCAACTAActtgt > 2:3405727/1‑98 (MQ=255) ccgatcTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAAtttttt < 1:2928284/95‑1 (MQ=255) tGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCTCTGCGTAATTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTg < 2:3804853/100‑1 (MQ=255) tGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTg < 2:478636/100‑1 (MQ=255) tGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTg < 1:4087024/100‑1 (MQ=255) gTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAACAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGa < 2:3863705/100‑1 (MQ=255) gTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGa > 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tttATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATg > 1:3493593/1‑100 (MQ=255) ttATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGt > 1:2180087/1‑100 (MQ=255) tATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTa < 2:2782595/100‑1 (MQ=255) aTTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTACACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTGGACATGTAt > 1:3558303/1‑100 (MQ=255) tctcTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAAGAACGAGTTTGGTCAGCCAATTTTTTTTCATTTATca > 2:3785745/1‑100 (MQ=255) tctcTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGACCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATca > 1:2538005/1‑100 (MQ=255) ctctTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATcac > 2:1359229/1‑100 (MQ=255) ctctTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATcac < 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1:3963308/100‑1 (MQ=255) gTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCttt < 1:371490/100‑1 (MQ=255) tGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCtttt > 2:2256038/1‑100 (MQ=255) gCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTa < 2:2481255/100‑1 (MQ=255) gCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACGATCTTTTa > 2:1471614/1‑100 (MQ=255) cACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAt > 1:3349686/1‑100 (MQ=255) cACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAt < 1:457549/100‑1 (MQ=255) cACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAt < 1:2395627/100‑1 (MQ=255) cACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAt > 1:2111681/1‑100 (MQ=255) cACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAt < 2:1537816/100‑1 (MQ=255) aCTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAtt < 1:3479119/100‑1 (MQ=255) aCTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTAtt < 2:3721799/100‑1 (MQ=255) | ATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATT > NC_000913/313178‑313371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |