| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,766,247 | A→C | K1355N (AAA→AAC) | rhsA → | Rhs protein with putative toxin 55 domain; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,766,247 | 0 | A | C | 98.8% | 591.3 / ‑4.8 | 171 | K1355N (AAA→AAC) | rhsA | Rhs protein with putative toxin 55 domain; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base C (99/68); total (99/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GACATAATAAATGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAAAGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGAT‑AAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAA > NC_000913/3766152‑3766343 | gACATAATAAATGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATg < 1:2803133/100‑1 (MQ=255) cATAATAAATGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGCTATTAGTGCTAACGATGCa > 2:2204248/1‑100 (MQ=255) aataaATGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCaaaa > 2:3079773/1‑100 (MQ=255) aataaATGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCaaaa < 1:4065692/100‑1 (MQ=255) aaaTGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGc < 2:2159683/100‑1 (MQ=255) aTGACAGATTCTGGAGTGATGGGAAAAAACCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGCGCTAACGATGCAAAAAGcac < 1:3179166/100‑1 (MQ=255) 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aaaaaaCCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTgtcgtc < 1:3176315/100‑1 (MQ=255) aaaCCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAGGCCTGGAATTGTCGTCACt > 1:3902960/1‑100 (MQ=255) aCCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTcc < 2:3599783/100‑1 (MQ=255) aCCCGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTcc < 2:79905/100‑1 (MQ=255) cccGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCa < 2:522948/100‑1 (MQ=255) cccGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCa > 2:1614455/1‑100 (MQ=255) ccGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAg < 1:3692014/100‑1 (MQ=255) ccGACAGATGTGACGTACTTCAGGAACTAATTGATTGTGGTGATATTAGTGCTAACGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAg < 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NC_000913/3766152‑3766343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |