| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,245,692 | A→C | F243C (TTT→TGT) | malE ← | maltose transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,245,692 | 0 | A | C | 98.0% | 508.7 / 0.8 | 147 | F243C (TTT→TGT) | malE | maltose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base C (75/69); total (77/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGT > NC_000913/4245595‑4245788 | ggTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAg < 1:1973127/100‑1 (MQ=255) tCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGc > 2:1252848/1‑100 (MQ=255) gCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGc > 2:3284384/1‑100 (MQ=255) cAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCt < 1:3007217/100‑1 (MQ=255) cAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCt < 1:3979057/100‑1 (MQ=255) tACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCCCGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCt > 1:3708912/1‑100 (MQ=255) ccGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGc < 1:2987184/100‑1 (MQ=255) ccGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGc < 1:1645402/100‑1 (MQ=255) cGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCg > 1:3784168/1‑100 (MQ=255) gTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGa > 2:1015238/1‑100 (MQ=255) ttACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGAt > 1:2124129/1‑100 (MQ=255) tACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATg < 1:2322026/100‑1 (MQ=255) acCATAATTCCCTTTGCTGGTGTCGATGTTTGATCATGCCCACGGGCCGTTGAGGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAg < 2:1843021/100‑1 (MQ=255) ccATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTTATGGTCATCGCTGTTTCGCACTTATTACACGCCGCTTCTGCGATTGAGt > 2:2232955/1‑100 (MQ=255) ccATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGt > 1:1020781/1‑100 (MQ=255) aaTTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATc > 1:3644487/1‑100 (MQ=255) aaTTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATc > 2:2411542/1‑100 (MQ=255) aTTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCg > 2:2370550/1‑100 (MQ=255) aTTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCg > 2:3184170/1‑100 (MQ=255) ttCACTTTGCTGGTGTCGATGGTGGACGATGGCCACGGGCCGTGGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATggg < 2:485094/100‑1 (MQ=255) tCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGgt > 1:369306/1‑100 (MQ=255) cACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGgtg > 1:3924653/1‑100 (MQ=255) aCTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGgtgt > 1:1857182/1‑100 (MQ=255) aCTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGgtgt < 2:897870/100‑1 (MQ=255) ttGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTg < 1:2523520/100‑1 (MQ=255) tGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCAtt < 1:360305/100‑1 (MQ=255) ggTGTGGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTc > 2:3516222/1‑100 (MQ=255) ggTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTc > 1:1802050/1‑100 (MQ=255) ggTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTc > 2:926779/1‑100 (MQ=255) gtCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCAtg > 1:4024971/1‑100 (MQ=255) gtCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCAtg < 1:273430/100‑1 (MQ=255) cGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCAtgtg > 2:845194/1‑100 (MQ=255) cGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCAtgtg > 1:1568134/1‑100 (MQ=255) aTGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGtgtt < 1:3641734/100‑1 (MQ=255) aTGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGGCTGCATTCATGtgtt > 2:2046176/1‑100 (MQ=255) tGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGtgttt < 2:575276/100‑1 (MQ=255) tGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGtgttt > 1:673141/1‑100 (MQ=255) gTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGtgtttg < 1:699027/100‑1 (MQ=255) gTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGtgtttg < 1:1563699/100‑1 (MQ=255) gACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGtttt < 1:2133900/100‑1 (MQ=255) gACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTGTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGtttt < 2:2595160/100‑1 (MQ=255) aCCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGttttt > 2:458764/1‑100 (MQ=255) ccATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTa < 1:1253610/100‑1 (MQ=255) ccATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTa > 1:524188/1‑100 (MQ=255) cATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTaa < 1:2465636/100‑1 (MQ=255) cATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTaa > 2:2252187/1‑100 (MQ=255) tGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATc < 1:306901/100‑1 (MQ=255) tGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATc > 2:3592574/1‑100 (MQ=255) gCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCa < 2:362663/100‑1 (MQ=255) cccACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAg > 2:170477/1‑100 (MQ=255) cccACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAg > 2:1093961/1‑100 (MQ=255) cccACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGACTAATCGGCGTCTGCCTTCATGTGTTTGTTTTTAATCAg > 1:2139723/1‑100 (MQ=255) ccACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAgg < 1:488426/100‑1 (MQ=255) ccACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAgg < 1:361189/100‑1 (MQ=255) cACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGt < 1:946593/100‑1 (MQ=255) cACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGt < 1:2968424/100‑1 (MQ=255) aCGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTc < 1:2223291/100‑1 (MQ=255) cGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCa < 2:3163746/100‑1 (MQ=255) ggCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAAc > 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ccGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCa < 1:2105854/100‑1 (MQ=255) cGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAg > 1:1119784/1‑100 (MQ=255) ttGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGa < 1:3371067/100‑1 (MQ=255) ttGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGa < 2:2257605/100‑1 (MQ=255) tGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGaa < 2:2739669/100‑1 (MQ=255) tGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATGGATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAATCAGGaattc > 1:1620081/1‑97 (MQ=255) ggTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCCGGAAGGTc < 2:3829706/100‑1 (MQ=255) ggTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGtn < 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1:2336796/100‑1 (MQ=255) cTTTATTACAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGcc < 2:441999/100‑1 (MQ=255) ttattaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAg > 1:2807371/1‑100 (MQ=255) ttattaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAg < 1:2266274/100‑1 (MQ=255) tattaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTGATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGc < 1:1319872/100‑1 (MQ=255) tattaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGc > 1:1902142/1‑100 (MQ=255) tattaCAGGCAGCTTCTGCGACGGAGTAATCGGGGTCTGGATTCATGTGTTAGTTTTTAATCAGTTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGc > 2:1286946/1‑100 (MQ=255) attaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCg < 2:3506263/100‑1 (MQ=255) attaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCg < 2:1688129/100‑1 (MQ=255) attaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCg < 2:1592587/100‑1 (MQ=255) attaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCg > 1:3150385/1‑100 (MQ=255) ttaCAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGt < 1:1467575/100‑1 (MQ=255) | GGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGT > NC_000913/4245595‑4245788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |