| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,313,090 | T→G | intergenic (‑99/‑260) | alsR ← / → rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,313,090 | 0 | T | G | 97.8% | 623.1 / 2.7 | 186 | intergenic (‑99/‑260) | alsR/rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base G (102/79); total (105/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGA > NC_000913/4312994‑4313186 | cGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtat > 2:2579488/1‑100 (MQ=255) gTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtatt > 2:947178/1‑100 (MQ=255) gTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtatt < 1:2195837/100‑1 (MQ=255) gTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtatt > 2:1577363/1‑100 (MQ=255) ttCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtattt < 2:1761982/100‑1 (MQ=255) attctTGACCTTGAATTGAAGACGCCACTATGTCAAAATATCAAGAACAGAAATGATGCTGGCGAATAAAAAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtatttt < 2:3263838/98‑1 (MQ=255) ctctTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtgtatttta > 1:888596/1‑100 (MQ=255) ttGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATtg < 2:373181/100‑1 (MQ=255) ttGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATtg < 2:762823/100‑1 (MQ=255) tGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTCGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATtgt < 2:2004782/100‑1 (MQ=255) tGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATtgt > 2:3284480/1‑100 (MQ=255) gTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATtgtg > 2:2100072/1‑100 (MQ=255) ccTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGaa < 1:790909/100‑1 (MQ=255) cTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAAc > 2:310528/1‑100 (MQ=255) ttgaattgaaGACGCGATGTTATCGCCAAAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGAGAATTTAAAAAAAAATAAAACTGATGATGTGTATTTTCTtgtagaga > 2:452032/1‑95 (MQ=255) tgaattgaaGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACaa > 1:2701234/1‑100 (MQ=255) aattgaaGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAAGAATg > 1:3662084/1‑100 (MQ=255) aattgaaGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATg > 2:2393717/1‑100 (MQ=255) aatcgaaGACCCCACCAGGCCCCCACATCAAGAACACCAAATATGCGGGCGACTGCGCATAAAAAGAAAATGTTTTAAGTGTATTTTATTGTGAACAATg < 2:1791543/100‑1 (MQ=255) tgaaGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCg < 2:3142788/100‑1 (MQ=255) tgaaGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCg > 1:563863/1‑100 (MQ=255) tgaaGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCg < 1:3875549/100‑1 (MQ=255) aCGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTgg > 1:2595075/1‑100 (MQ=255) cGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGc > 2:849453/1‑100 (MQ=255) cGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGCGAACAATGGCGAGTGGc > 2:3441760/1‑100 (MQ=255) gCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGGACAATGGCGAGTGGCt > 1:3358663/1‑100 (MQ=255) ccACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCtt > 1:1623054/1‑100 (MQ=255) ccACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCtt > 1:1889144/1‑100 (MQ=255) aCTATATCACCACAGCAAGAGCAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGTCTTaa > 2:3587200/1‑100 (MQ=255) atatCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGTGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAAt < 2:2070501/100‑1 (MQ=255) atatCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAAt < 1:1023588/100‑1 (MQ=255) tatCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAAtt < 2:109152/100‑1 (MQ=255) tCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAAtttt > 1:548627/1‑100 (MQ=255) tCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAAtttt < 1:3105261/100‑1 (MQ=255) caccacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTa < 2:220465/100‑1 (MQ=255) caccacAGCAAGAACAGAAAAGATGCCGGCCACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTa < 2:496126/100‑1 (MQ=255) accacAGCTAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGTCTTAAAATTTTAt > 2:1906069/1‑100 (MQ=255) accacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAt < 2:1828246/100‑1 (MQ=255) accacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAt < 1:4060628/100‑1 (MQ=255) accacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAt < 2:3206497/100‑1 (MQ=255) accacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAt > 1:1960402/1‑100 (MQ=255) accacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAt < 1:1918577/100‑1 (MQ=255) ccacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAtt > 2:2521901/1‑100 (MQ=255) ccacAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTAtt > 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aaCAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAAtt > 1:3220140/1‑100 (MQ=255) cAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAAAAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAg > 1:3267554/1‑100 (MQ=255) aGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGt < 2:262013/100‑1 (MQ=255) aGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGt > 2:2463817/1‑100 (MQ=255) aGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGAGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGAGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGt > 1:1817292/1‑100 (MQ=255) gAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGtt > 2:1197997/1‑100 (MQ=255) gAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGtt > 2:3572002/1‑100 (MQ=255) gAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGtt > 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ataaaatTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTg < 2:3401558/100‑1 (MQ=255) ataaaatTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTg < 1:2414880/100‑1 (MQ=255) ataaaatTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTg < 1:1436999/100‑1 (MQ=255) aaatTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGtt > 1:2269737/1‑100 (MQ=255) aatTTATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGttt < 2:3305469/100‑1 (MQ=255) tttATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGttttt < 2:1050001/100‑1 (MQ=255) ttATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGtttttt > 2:211755/1‑100 (MQ=255) ttATAAAGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGtttttt < 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aaGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatg > 2:2903452/1‑100 (MQ=255) aaGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatg < 1:3321342/100‑1 (MQ=255) aaGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatg < 1:977326/100‑1 (MQ=255) aGTGTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatga < 2:1758528/100‑1 (MQ=255) | CGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGA > NC_000913/4312994‑4313186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |