| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 394,041 | T→G | pseudogene (1072/1449 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,041 | 0 | T | G | 95.9% | 474.1 / 7.7 | 149 | pseudogene (1072/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base G (71/70); total (74/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAAC > NC_000913/393944‑394140 | tACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGAc < 1:848604/100‑1 (MQ=255) cTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACgg > 1:1046210/1‑100 (MQ=255) cTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACgg > 1:1042676/1‑100 (MQ=255) cTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACgg > 1:3225452/1‑100 (MQ=255) cTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACgg > 2:1581151/1‑100 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGc < 1:3125632/100‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGc < 2:2316360/100‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGc > 1:1639318/1‑100 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGc < 1:1108942/100‑1 (MQ=255) tACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCa > 1:2038420/1‑100 (MQ=255) aCGTGGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAg < 2:3796235/100‑1 (MQ=255) cGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGc > 2:2834219/1‑100 (MQ=255) cGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGc < 2:2727438/100‑1 (MQ=255) cGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGc < 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aCCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGt > 2:2549615/1‑100 (MQ=255) aCCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGt > 2:3460766/1‑100 (MQ=255) ccAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGtt < 2:943657/100‑1 (MQ=255) cAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTc < 1:238293/100‑1 (MQ=255) cAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTc < 2:3821777/100‑1 (MQ=255) aaCTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTcc < 1:3040485/100‑1 (MQ=255) cTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGGGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAg > 1:2369153/1‑100 (MQ=255) cTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTCCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAg > 2:1483545/1‑100 (MQ=255) ccGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTc > 2:292593/1‑100 (MQ=255) ccGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTc > 1:3372361/1‑100 (MQ=255) gACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTg < 1:1549718/100‑1 (MQ=255) aCGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTCCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTgg < 1:1509590/100‑1 (MQ=255) cGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGt < 2:3175688/100‑1 (MQ=255) gCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGtg < 2:3038386/100‑1 (MQ=255) gCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGtg < 2:1262955/100‑1 (MQ=255) tGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGtgatg > 1:293637/1‑100 (MQ=255) gggCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTATCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGAc > 2:1812330/1‑100 (MQ=255) ggCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAGACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACt > 2:1240707/1‑100 (MQ=255) ggCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACt > 2:661416/1‑100 (MQ=255) gCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTa > 1:63300/1‑100 (MQ=255) gCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTa > 1:3144158/1‑100 (MQ=255) ttCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTAcc < 1:437490/100‑1 (MQ=255) ttCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTAcc > 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cTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTa > 1:2629218/1‑100 (MQ=255) tCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTAt < 1:2561777/100‑1 (MQ=255) ccTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATg > 1:1830327/1‑100 (MQ=255) ccTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATg > 2:1658903/1‑100 (MQ=255) | TACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAAC > NC_000913/393944‑394140 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |