| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 431,340 | A→C | I225S (ATC→AGC) | tsx ← | nucleoside channel, receptor of phage T6 and colicin K |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 431,340 | 0 | A | C | 97.9% | 509.9 / ‑1.7 | 145 | I225S (ATC→AGC) | tsx | nucleoside channel, receptor of phage T6 and colicin K |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base C (63/79); total (65/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGC > NC_000913/431245‑431435 | aCGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCg < 1:2023641/100‑1 (MQ=255) aCGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCg < 1:487730/100‑1 (MQ=255) aGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTa > 1:3693710/1‑100 (MQ=255) gCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTAc > 1:2876610/1‑100 (MQ=255) gCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTAc < 1:2207044/100‑1 (MQ=255) tACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCg < 1:2790242/100‑1 (MQ=255) taaagagTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGATTATGGCTGGAAGCGATAGGGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTg < 2:1982645/97‑1 (MQ=255) gACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTg > 1:1121117/1‑100 (MQ=255) gACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTg < 1:1115818/100‑1 (MQ=255) aCAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGt < 1:1331293/100‑1 (MQ=255) aCAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGGTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGGTACCGCTga > 1:2014196/1‑99 (MQ=255) cAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTc < 1:2059451/100‑1 (MQ=255) gagTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCGGTCAt < 2:3605191/100‑1 (MQ=255) agtagtGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATc > 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agtGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATcccc < 1:2814277/100‑1 (MQ=255) agtGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATcccc < 1:1348099/100‑1 (MQ=255) gtGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCt < 1:238344/100‑1 (MQ=255) cAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAAt > 2:1919235/1‑100 (MQ=255) cAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAAt > 2:3062579/1‑100 (MQ=255) aGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATc > 1:3092944/1‑100 (MQ=255) gATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGa < 2:2441915/100‑1 (MQ=255) gATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGa > 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tCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTc < 2:2347708/100‑1 (MQ=255) gagCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGaa > 2:1277863/1‑100 (MQ=255) gagCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGaa < 2:2701596/100‑1 (MQ=255) gCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATAGCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGt < 2:3615002/100‑1 (MQ=255) gCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGt > 2:2179084/1‑100 (MQ=255) cAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTg > 1:3396102/1‑100 (MQ=255) aGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTgg < 2:1971872/100‑1 (MQ=255) aGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTgg < 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tGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGc < 1:3209994/100‑1 (MQ=255) tGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGc > 1:2251523/1‑100 (MQ=255) tGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGc > 2:2916679/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCg > 1:1465562/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCg > 1:1048485/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAGCGATAGAGATAAGAGTACGGGTCGTAATACCGCGTCTTGCGCTATCACGGTCATCCCCTAAACCGGACGCCCGGTGTCTGTTGGTGAAGCCg > 2:489899/1‑100 (MQ=255) atGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGa < 1:818354/99‑1 (MQ=255) ggAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATg > 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ccGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCg > 2:88088/1‑100 (MQ=255) ccGTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCg > 1:2527000/1‑100 (MQ=255) gTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGc > 2:868742/1‑100 (MQ=255) gTTGCTTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGCTGAAGCCGATGTATCTCCGCTCACCGCCCCACGTATCGGAAATCgga > 2:3724835/1‑99 (MQ=255) | AACGAGCTACGACAGAGTAGTGCCAGTGATCGTAGTTCAGAGCCAGAATATGGCTGGAAGCGATAGAGTTATTAGTACGGGTCTTAATACCGTTGATTGCGTTACCGCTGTCATCCCCTAAATCGGAACCCCAGTCGAAGTTGGTGAAGCCGATGTAGCTCAGCTGACCGCCCCACAGATCGGTAATCGGC > NC_000913/431245‑431435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |