| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 488,082 | T→G | I516S (ATT→AGT) | mscK → | mechanosensitive channel protein, intermediate conductance, K+ regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 488,082 | 0 | T | G | 96.1% | 413.2 / 5.6 | 127 | I516S (ATT→AGT) | mscK | mechanosensitive channel protein, intermediate conductance, K+ regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base G (59/63); total (62/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AAAGATGAATTTAAGTCGATGAAAATCACGGTGAACTGGCAAAAAGCCTGGCCCGCCGTTTTTATCGCTTTCCTCGCTGGTTTGCCGCTGCTGTTGATTGCCGGGCTGATCCACTGGCGTCTGGGCTGGCTGAAAGCGTATCAACAAAAACTGGCTTCCGCTGTGGGTTCCCTGCGTAACGACAGCCAGCTCAA > NC_000913/487985‑488178 | aaaGATGAATTTAAGTCGATGAAAATCACGGTGAACTGGCAAAAAGCCTGGCCCGCCGTTTTTATCGCTTTCCTCGCTGGTTTGCCGCTGCTGTTGAGTg < 1:726208/100‑1 (MQ=255) aTGCATTTAAGTCGATGGAACTCCCGGTGAACTGGCCCCAAGCATGGCCCGCCGTTTTTGTCGCTTTCCTCGCTGGTTTGCCGCTGCTGTTGAGTGCCgg < 2:2611727/100‑1 (MQ=255) aTGAATTTAAGTCGATGAAAATCACGGTGAACTGGCAAAAAGCCTGGCCCGCCGTTTTTATCGCTTTCCTCGCTGGTTTGCCGCTGCTGTTGAGTGCCgg < 2:2950012/100‑1 (MQ=255) aTGAATTTAAGTCGATGAAAATCACGGTGAACTGGCAAAAAGCCTGGCCCGCCGTTTTTATCGCTTTCCTCGCTGGTTTGCCGCTGCTGTTGAGTGCCgg > 1:2650757/1‑100 (MQ=255) aTGAATTTAAGTCGATGAAAATCACGGTGAACCGGCAAAAAGCCTGGCCCGCCGTTTTTATCGCTTTCCTCCCTGGCTCGCCGCTGCTGTTGAGTGCCgg > 2:40607/1‑100 (MQ=255) gAATTTAAGTCGATGAAAATCACGGTGAACTGGCAAAAAGCCTGCCCCGCCGTTTTTATCGCTTTCCTCGCTGGTTTGCCGCTGCTGTTTAGTGCCGGGc < 2:873404/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |