| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 513,767 | A→C | S398R (AGT→CGT) | ybaT → | putative amino acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 513,767 | 0 | A | C | 97.0% | 423.7 / 0.5 | 134 | S398R (AGT→CGT) | ybaT | putative amino acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base C (56/73); total (60/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCG > NC_000913/513670‑513863 | ggtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGGTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGt > 1:3414956/1‑100 (MQ=255)ggtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTTGCTTTATCTACCGt > 1:2151124/1‑100 (MQ=255)ggtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGCTGTTGGCGATCGTTGGCTTTATCTACCGt > 1:3722772/1‑100 (MQ=255) tCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTc < 2:3064820/100‑1 (MQ=255) ccGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTcc < 1:3485896/100‑1 (MQ=255) cGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTccc < 1:2814365/100‑1 (MQ=255) ccTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAg < 2:1761643/100‑1 (MQ=255) ccTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGCTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAg < 2:3807289/100‑1 (MQ=255) tGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAggg < 1:3689649/100‑1 (MQ=255) tCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGc > 2:2150948/1‑100 (MQ=255) aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCg > 2:586877/1‑100 (MQ=255) aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCg > 2:2686017/1‑100 (MQ=255) tGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGt > 1:1455131/1‑100 (MQ=255) tGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGt > 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tCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTg < 1:1567692/100‑1 (MQ=255) cACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGa > 1:31123/1‑100 (MQ=255) cACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGa < 2:1014003/100‑1 (MQ=255) cGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGata < 2:1226649/100‑1 (MQ=255) cGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGata > 1:3356792/1‑100 (MQ=255) cTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATgg < 1:678333/100‑1 (MQ=255) ggtggcGATTCTTATCGTTGGTACGGTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGATAGCCGGGCGTTGATATGGatt < 2:3532195/95‑1 (MQ=255) tGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGattat < 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ttATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCAct < 1:3833380/100‑1 (MQ=255) tATCGTTGGTACGCTGGTGATGTTGTTGGTGCTCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActc < 2:3129933/100‑1 (MQ=255) atctttGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActct < 1:1523741/96‑1 (MQ=255) aTCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActct > 1:405115/1‑100 (MQ=255) cGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTa > 1:1256884/1‑100 (MQ=255) cGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTa > 1:2611156/1‑100 (MQ=255) cGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTa > 2:292207/1‑100 (MQ=255) gTTGGTACGTTGGTGCTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGGGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTAc < 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tACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGc < 2:2039061/100‑1 (MQ=255) tACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGc < 2:1344085/100‑1 (MQ=255) aCGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGcc < 1:3934775/100‑1 (MQ=255) cGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCt > 2:1723582/1‑100 (MQ=255) cGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCt > 2:1054224/1‑100 (MQ=255) cGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCt < 1:3396139/100‑1 (MQ=255) gTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtg > 2:1964303/1‑100 (MQ=255) gTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtg < 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1:1497917/1‑100 (MQ=255) tttATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATa < 1:254751/100‑1 (MQ=255) ttATCTACTGTCTGTGGTCTCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCCCTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa > 2:1552762/1‑100 (MQ=255) ttATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCACTaa > 1:950765/1‑100 (MQ=255) tATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTGACTCTTACACAGCCTTATTGAGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaa > 1:3790590/1‑100 (MQ=255) tATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaa > 1:1671992/1‑100 (MQ=255) aTCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 1:634452/100‑1 (MQ=255) aTCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 1:1774798/100‑1 (MQ=255) tCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAAc < 2:2881877/100‑1 (MQ=255) cTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAAcc > 2:492918/1‑100 (MQ=255) tACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCg < 2:1415104/100‑1 (MQ=255) tACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCg < 2:808484/100‑1 (MQ=255) | GGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCG > NC_000913/513670‑513863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |