| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 797,813 | A→C | W207G (TGG→GGG) | ybhA ← | pyridoxal phosphate (PLP) phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 797,813 | 0 | A | C | 97.7% | 446.7 / ‑1.7 | 133 | W207G (TGG→GGG) | ybhA | pyridoxal phosphate (PLP) phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base C (68/62); total (69/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GCCACGCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCATTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCAACCTGATCGTGCCAGGACCATTCACACTCCAGTCCCAGTTCATGTTCGAC > NC_000913/797716‑797909 | nccACGCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCtt > 1:793649/2‑100 (MQ=255) cACGCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTc > 1:1220229/1‑100 (MQ=255) cGCCTGTACCCGCGGCTTCCAGCATACTGAGATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCGACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGt < 2:2301373/100‑1 (MQ=255) cGCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGt < 2:1870410/100‑1 (MQ=255) gCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTc < 2:3656050/100‑1 (MQ=255) gCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTc < 1:2292302/100‑1 (MQ=255) gCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCCCAACCCCTTTCGTc < 2:674860/100‑1 (MQ=255) ccTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCGTCAACCCCTTTCGTCa > 1:3354611/1‑100 (MQ=255) ccTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCa < 2:2758616/100‑1 (MQ=255) cTGTACCAGCGGCTTCCAGAAGACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCaa > 1:3485966/1‑100 (MQ=255) tGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCaaa < 2:2652659/100‑1 (MQ=255) tGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCaaa > 1:3870287/1‑100 (MQ=255) gTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATACCACGACG‑TTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACg < 2:3627762/100‑1 (MQ=255) aCCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGt > 1:3672170/1‑100 (MQ=255) aGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCTTCAAACGTTTa > 2:665454/1‑100 (MQ=255) gCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTAc > 2:3655131/1‑100 (MQ=255) gCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTAc > 2:3367941/1‑100 (MQ=255) ggCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCt > 1:1602458/1‑100 (MQ=255) cTTCCAGCATACTGATATCATGAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCttt < 1:2977140/100‑1 (MQ=255) tCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGc < 1:1092097/100‑1 (MQ=255) tCCAGCATACTCATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGc > 2:3798708/1‑100 (MQ=255) ccAGCATACTGATATCAGTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCt < 2:2733997/100‑1 (MQ=255) cAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTg < 1:446108/100‑1 (MQ=255) cAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTg > 2:2628829/1‑100 (MQ=255) cAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTg < 2:2301658/100‑1 (MQ=255) cATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTg < 2:545341/100‑1 (MQ=255) aTACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTgc < 1:275198/100‑1 (MQ=255) tACTGATATCATTTAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTgcc < 2:595439/100‑1 (MQ=255) tACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTgcc > 1:2132817/1‑100 (MQ=255) cTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTgccgc > 2:102121/1‑100 (MQ=255) cTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTgccgc > 2:1525546/1‑100 (MQ=255) tGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTgccgcc < 2:1328608/100‑1 (MQ=255) gATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCCTGTCGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGccgccg < 2:2486229/100‑1 (MQ=255) gATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGccgccg > 2:2186777/1‑100 (MQ=255) tCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTg < 2:1697754/100‑1 (MQ=255) cATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAGCCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAGCGTTTACCTTTGCTGTTGCTGTCGCGTGc < 2:3296512/100‑1 (MQ=255) cATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGc > 2:3962913/1‑100 (MQ=255) cATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGc > 1:3080862/1‑100 (MQ=255) cATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCAGCCGCGTGc > 1:1845883/1‑100 (MQ=255) aTTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCa > 1:3670005/1‑100 (MQ=255) aTTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCa > 2:2034732/1‑100 (MQ=255) gTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCa > 1:962419/1‑100 (MQ=255) ttATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCaa > 1:2537547/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGAATGCCACGGCGATTACCAGCGCCAAACCATGCGCCGCAACCCCTTTCGTAAAACATTTACCTACACTATTGCCGCCGCGTGCAAGATCAAcc > 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cAACCCCTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCAACCTGATCGTGCCAGGACCATTCACACTCCAGTCCCAGTTCATGTTc < 2:3852483/100‑1 (MQ=255) aaCCCCTTTCGTCAAACGTCTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCAACCTGATCGTGCCAGGACCATTCACACTCCAGTCCCAGTTCATGTTCg < 2:3526677/100‑1 (MQ=255) ccccTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCAACCTGATCGTGCCAGGACCATTCACACTCCAGTCCCAGTTCATGTTCGAc < 1:3891827/100‑1 (MQ=255) ccccTTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCAACCTGATCGTGCCAGGACCATTCACACTCCAGTCCCAGTTCATGTTCGAc < 2:981315/100‑1 (MQ=255) | GCCACGCCTGTACCAGCGGCTTCCAGCATACTGATATCATTAAAGTTATCGCCGAATGCCACGACGTTTTCCATCGACCAACCTTGCGCCTCAACCCATTTCGTCAAACGTTTACCTTTGCTGTTGCCGCCGCGTGCAATATCAACCTGATCGTGCCAGGACCATTCACACTCCAGTCCCAGTTCATGTTCGAC > NC_000913/797716‑797909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |