Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 921,236 | A→C | K297T (AAA→ACA) | macB → | macrolide ABC transporter peremase/ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 921,236 | 0 | A | C | 98.3% | 395.4 / ‑3.6 | 118 | K297T (AAA→ACA) | macB | macrolide ABC transporter peremase/ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (64/51); total (65/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCA > NC_000913/921140‑921332 | tGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCcacaca < 1:1399533/100‑1 (MQ=255) ggCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGGTTCCATTGGCGTGGTGGGTGACGCCGCcacacaa > 2:1459076/1‑100 (MQ=255) cAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAAt > 1:1448448/1‑100 (MQ=255) aGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATg < 1:3368560/100‑1 (MQ=255) gCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATgg < 1:3575456/100‑1 (MQ=255) gCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATgg > 2:473599/1‑100 (MQ=255) 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aCTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCt < 1:3208606/100‑1 (MQ=255) cTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTa < 1:1222921/100‑1 (MQ=255) gACCCTGCCGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCCTTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGTTGCTGGCGGATATTCGCGCTAtt > 2:373069/1‑100 (MQ=255) gACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt > 2:117727/1‑100 (MQ=255) gACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt < 2:1675733/100‑1 (MQ=255) gACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt > 2:2183622/1‑100 (MQ=255) gACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt > 1:2949878/1‑100 (MQ=255) gACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt > 1:2941892/1‑100 (MQ=255) gACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTAtt > 2:3744604/1‑100 (MQ=255) ccATGCTGGGGATTATTATCGTTATTGCGTCAGTGGTTTCCCTTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAGATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTgg > 2:3807204/1‑100 (MQ=255) ccATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTgg < 2:1626981/100‑1 (MQ=255) ccATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTgg < 1:3763244/100‑1 (MQ=255) tGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGGGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAAGGGTGCTTGCGGGTAGTCGTTCTATTGGTAc > 2:182622/1‑100 (MQ=255) gCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACg > 2:2878205/1‑100 (MQ=255) gCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACg > 2:2878568/1‑100 (MQ=255) tGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGaa > 2:1346627/1‑100 (MQ=255) ggggATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAAt < 1:2035875/100‑1 (MQ=255) gggATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATa > 1:2699927/1‑100 (MQ=255) gATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCCTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACt < 2:3634577/100‑1 (MQ=255) attattATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTa > 1:767204/1‑100 (MQ=255) ttattaTCGGTATCGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGGGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTACCAATTGAACGAATatgcg < 2:2654354/100‑5 (MQ=255) attatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTg < 2:1428792/100‑1 (MQ=255) attatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTg > 1:3417514/1‑100 (MQ=255) attatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTg > 1:2765584/1‑100 (MQ=255) attatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTg < 1:771098/100‑1 (MQ=255) ttatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGa > 1:1706960/1‑100 (MQ=255) ttatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGa > 1:827922/1‑100 (MQ=255) tatCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGAt < 1:414402/100‑1 (MQ=255) atCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGTCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATg < 1:3563352/100‑1 (MQ=255) atCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATg > 1:1562816/1‑100 (MQ=255) atCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATg < 1:3660383/100‑1 (MQ=255) atCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATg > 1:2384895/1‑100 (MQ=255) tCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGt > 1:3039527/1‑100 (MQ=255) cGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTc < 2:3795239/100‑1 (MQ=255) cGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTc < 2:1897331/100‑1 (MQ=255) cGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTc < 1:2582480/100‑1 (MQ=255) tATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTAt > 1:1076192/1‑100 (MQ=255) aTTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATc > 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2:3861493/1‑100 (MQ=255) tCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTg > 1:1634720/1‑100 (MQ=255) tCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTg > 1:3107089/1‑100 (MQ=255) tCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTg < 2:355257/100‑1 (MQ=255) ccATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTgg > 2:2051595/1‑100 (MQ=255) ccATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTgg < 1:3340011/100‑1 (MQ=255) tGTCGTTGTGGGTGAGGCCGCCAGACAAATGGGGCGGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGAt < 2:483086/100‑1 (MQ=255) tGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGAt < 2:2257177/100‑1 (MQ=255) 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1:3902503/100‑1 (MQ=255) gACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAat < 1:2827443/100‑1 (MQ=255) gACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAat < 1:2325998/100‑1 (MQ=255) gACGCCGCCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAat > 1:1237486/1‑100 (MQ=255) cgccgcCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAatat > 1:244919/1‑100 (MQ=255) cgccgcCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAatat < 1:398618/100‑1 (MQ=255) cgccgcCACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAatat > 2:2087040/1‑100 (MQ=255) ccgccACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATca < 2:2670506/100‑1 (MQ=255) ccgccACACAAACGGTGCGAGCGGATATTCGTCCTATTTGTACTAAAACTATTTAACACTATCCTAGAAAAGATTTTGGCGATGCCGACCCGCAatggca > 2:1550472/1‑96 (MQ=255) gccACACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATcagc > 2:3105497/1‑100 (MQ=255) ccACACAAATGGTGCTGGCGGATATCCGTTATATTGGTACGACTACTACTGCTGTCTCTCCCGGGCAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATcagca < 2:114249/100‑1 (MQ=255) ccAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATcagca < 1:3829783/100‑1 (MQ=255) | TGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCA > NC_000913/921140‑921332 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |