| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 930,957 | A→C | N2K (AAT→AAG) | cydD ← | glutathione/cysteine ABC transporter export permease/ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 930,957 | 0 | A | C | 98.6% | 468.6 / ‑1.5 | 140 | N2K (AAT→AAG) | cydD | glutathione/cysteine ABC transporter export permease/ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base C (77/60); total (77/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CGCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTATTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGGTGTCG > NC_000913/930860‑931053 | gCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATttcttc < 2:1395183/100‑1 (MQ=255) gCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATttcttc > 1:2972014/1‑100 (MQ=255) tCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCAt > 2:3392817/1‑100 (MQ=255) cacaAAGCCCAGCAGACGAGAAATATACAGCCAACGTTGGGAGATGAAGCTTTGGTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCAtt > 2:3738156/1‑100 (MQ=255) acaAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTg > 1:1131645/1‑100 (MQ=255) acaAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTg > 1:485651/1‑100 (MQ=255) caAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGc < 2:753932/100‑1 (MQ=255) aaaGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCa > 2:431318/1‑100 (MQ=255) aaGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCAc < 2:3096599/100‑1 (MQ=255) ccAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGTTGTGTTTTCTTCATTGCACGCtt > 2:1141995/1‑100 (MQ=255) ccAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCtt > 2:3174053/1‑100 (MQ=255) cagcagACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTa > 2:951873/1‑100 (MQ=255) gcagACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGc > 1:1825882/1‑100 (MQ=255) cagACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCa > 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atTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATCTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCa < 2:3599976/100‑1 (MQ=255) tCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGa < 2:2119715/100‑1 (MQ=255) cAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGaa > 2:3055255/1‑100 (MQ=255) cAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGaa < 2:2754117/100‑1 (MQ=255) aGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAat > 2:2654270/1‑100 (MQ=255) ccAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAatta > 1:3281537/1‑100 (MQ=255) cAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAattat > 1:1613870/1‑100 (MQ=255) aCGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTAttt < 1:3419073/100‑1 (MQ=255) cGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTg > 2:3487888/1‑100 (MQ=255) gTTGGGCGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGATATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGc > 2:1043206/1‑100 (MQ=255) gTTGGGAGATGACGCTTTGTTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGc > 2:2344797/1‑100 (MQ=255) ttGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCa < 2:411109/100‑1 (MQ=255) ttGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCa > 1:377031/1‑100 (MQ=255) tGGGAGATGACGCATTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCCTTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTACag > 2:1920889/1‑100 (MQ=255) gggAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCGTTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCaga > 1:575983/1‑100 (MQ=255) gggAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCaga < 1:3451791/100‑1 (MQ=255) ggAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTCATTACACGCTTATCAGGTGAGTTCTTAGTATTATTTGCaggg > 2:1936351/1‑98 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTACCTCTTTTTGACGCGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg < 2:3692879/100‑1 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg < 1:972193/100‑1 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg > 2:2886381/1‑100 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg > 1:1292522/1‑100 (MQ=255) aCGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGtt < 1:2789279/100‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGtt < 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gCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACgg > 2:564287/1‑100 (MQ=255) cTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACggg < 2:2014400/100‑1 (MQ=255) cTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACggg > 1:2066377/1‑100 (MQ=255) cTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACggg < 2:1740665/100‑1 (MQ=255) cTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACggg > 2:3177751/1‑100 (MQ=255) tGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACgggg > 1:1430362/1‑100 (MQ=255) tGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCACGTGAGTTATCAGAATTATTTTCAGAGCAATGTTACAACgggg < 1:3855552/100‑1 (MQ=255) gTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGa > 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ttAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGaaaa < 2:1884968/100‑1 (MQ=255) ttAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGaaaa < 2:233327/100‑1 (MQ=255) ttAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGaaaa < 1:2538834/100‑1 (MQ=255) ttAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGaaaa < 1:298822/100‑1 (MQ=255) tAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGaaaaa > 2:3919016/1‑100 (MQ=255) aaCCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGaaaaaa < 2:1333145/100‑1 (MQ=255) aCCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAAt > 1:3636799/1‑100 (MQ=255) ccgctggTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATaa > 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1:1719538/100‑1 (MQ=255) gACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACTGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCAt < 1:3273493/100‑1 (MQ=255) gACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCAt < 1:1815518/100‑1 (MQ=255) aCGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATg < 1:1801350/100‑1 (MQ=255) aCGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATg < 2:2089080/100‑1 (MQ=255) cGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCTGGTGAGTTATCATAATTACTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGCAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATgg < 1:3815004/100‑1 (MQ=255) cGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATgg < 2:1644789/100‑1 (MQ=255) cGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATgg < 2:1791872/100‑1 (MQ=255) cGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATgg < 1:3193766/100‑1 (MQ=255) agaTTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGgtg < 1:192487/100‑1 (MQ=255) gaTTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGgtgt > 2:3469567/1‑100 (MQ=255) tttCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGCGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGGTGTCg > 1:3841450/1‑100 (MQ=255) | CGCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTATTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGGTGTCG > NC_000913/930860‑931053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |