| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,064,004 | T→G | intergenic (‑229/‑32) | cbpA ← / → yccE | DnaK co‑chaperone; curved DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,064,004 | 0 | T | G | 97.7% | 448.2 / ‑3.2 | 135 | intergenic (‑229/‑32) | cbpA/yccE | DnaK co‑chaperone; curved DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (55/75); total (58/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CGCCATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGCCTGGAACG > NC_000913/1063907‑1064099 | ccATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCatt > 1:1701273/1‑100 (MQ=255) aTCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCattat > 2:2647325/1‑100 (MQ=255) tCAAGATGGATTGCTGAACATATCTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTCGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCattatt < 1:3549281/100‑1 (MQ=255) cAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattt < 2:1653314/100‑1 (MQ=255) cAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattt > 1:3698524/1‑100 (MQ=255) cAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattt < 1:724204/100‑1 (MQ=255) aaGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattta < 2:700560/100‑1 (MQ=255) aaGATGGGTTGCTGAACATATAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattta < 2:2477043/100‑1 (MQ=255) aGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttatttat < 2:3140260/100‑1 (MQ=255) aTGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATttatta > 1:805114/1‑100 (MQ=255) aTGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGATGAAAAAGGGTGAGCGATTTCTTTTTTTTTTTTTAAACACTTTAAGTTTAACTAGGTCGGCAttatttttat > 2:3977327/1‑96 (MQ=255) aTGGGTTGCTGAACATATTATAAACAAGAAAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATttatta < 2:1844564/100‑1 (MQ=255) tGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTaa > 1:179474/1‑100 (MQ=255) ggTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAAt > 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tGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTtata < 1:3050359/100‑1 (MQ=255) tGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTCTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTtata > 2:1169558/1‑100 (MQ=255) gAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAg > 2:2350600/1‑100 (MQ=255) tatTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCt < 1:815920/100‑1 (MQ=255) tatTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCt > 1:2490607/1‑100 (MQ=255) tatTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCt < 1:1812447/100‑1 (MQ=255) atTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCta > 1:2786937/1‑100 (MQ=255) atTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCta < 1:1318074/100‑1 (MQ=255) atTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCta < 2:2350646/100‑1 (MQ=255) atTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATGTTTGATAGATGAACGAGGCACTTTAACTTTAACTAGGGCGGCATTCTTTATTAAATTTTGTAGACGCta > 1:3552468/1‑100 (MQ=255) ttttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTACATTTTCTAGACTCtat > 2:798156/1‑100 (MQ=255) ttttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtat < 1:940911/100‑1 (MQ=255) tttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtata < 2:1034603/100‑1 (MQ=255) tttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtata < 2:1673211/100‑1 (MQ=255) tttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtata > 2:3472088/1‑100 (MQ=255) ttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtatat > 2:2461424/1‑100 (MQ=255) tAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtatata < 2:2337087/100‑1 (MQ=255) aaaCAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTatatat < 1:3665764/100‑1 (MQ=255) aaCAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATg < 2:2573178/100‑1 (MQ=255) aCAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATgg < 1:303700/100‑1 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg > 1:1088413/1‑100 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg > 1:1484165/1‑100 (MQ=255) aGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGgt < 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gatctgggTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTAAATTTTATCGACGCTATATATGGGTAGTaa < 1:3858545/95‑1 (MQ=255) aaaaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAat < 2:3187145/100‑1 (MQ=255) aaaaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAat > 1:682050/1‑100 (MQ=255) aaaaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTGAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAat < 1:1119977/100‑1 (MQ=255) aaaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCCGCCACTTTAAGATCAACTAGGGCGGCATTATTTATTACATTTTATAGACGCTACATCCGGATAGTaaca > 2:1779025/1‑98 (MQ=255) gggTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATAc > 1:3001178/1‑100 (MQ=255) gggTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTaaagatc > 2:3777522/1‑95 (MQ=255) ggTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACa > 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ttAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGc < 2:2848916/100‑1 (MQ=255) tAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGcc > 1:2191364/1‑100 (MQ=255) tAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGcc < 2:176563/100‑1 (MQ=255) aCTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGCCTg < 2:716828/100‑1 (MQ=255) | CGCCATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGCCTGGAACG > NC_000913/1063907‑1064099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |