| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,078,882 | T→G | M1M (ATG→CTG) † | putA ← | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,078,882 | 0 | T | G | 99.3% | 479.2 / ‑4.2 | 140 | M1M (ATG→CTG) † | putA | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (69/70); total (69/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGC > NC_000913/1078786‑1078978 | ttaaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGcc < 1:683088/100‑1 (MQ=255)ttaaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGcc < 1:1186859/100‑1 (MQ=255) taaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCa < 2:677015/100‑1 (MQ=255) aCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCAtt > 2:1499231/1‑100 (MQ=255) aCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCAtt < 2:760943/100‑1 (MQ=255) ccAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTa > 1:603719/1‑100 (MQ=255) ccAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTa > 1:2852187/1‑100 (MQ=255) ccAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTa > 1:2008316/1‑100 (MQ=255) taGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAc < 1:1974319/99‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAc < 1:2117779/100‑1 (MQ=255) tgtggtgtgCGATCGATACTTTTCGCTGGAGACTTAATACGCTGACGCATCTCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATTGTGGTGGCTCCCAGGCCAGTACTcg < 2:385938/100‑2 (MQ=255) gtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCCGCCGACTTAATACGATCCCGCGTCGGCTCGTCAAGCTTAACCACCTTTGTAATGGTACCCAGTCCTTTACTCCt < 2:1621858/100‑1 (MQ=255) ctggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCt > 2:2629459/2‑100 (MQ=255) tggtgtgCGATCGATACGCGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtg < 2:490481/100‑1 (MQ=255) tggtctgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtg > 2:3404286/1‑100 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 2:37111/100‑1 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 2:37092/100‑1 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 1:1496701/100‑1 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTAACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGGGGTTCCCAGGCCATTACTTCtgt > 2:3207786/1‑100 (MQ=255) ggtgggCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 1:1007892/100‑1 (MQ=255) ggtgggCGACCGATACGTGCCGCGGCGGACTTAATACGCTCACGCGGCGCGGCGTCCAGCGTACCCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 2:206543/100‑1 (MQ=255) gtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgttgt > 1:449240/1‑100 (MQ=255) gtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgttgt > 1:2662411/1‑100 (MQ=255) gtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgttgt > 2:2040687/1‑100 (MQ=255) tgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTgttgtt > 1:1003230/1‑100 (MQ=255) gCGATCGATCCGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTGCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTc < 2:104893/100‑1 (MQ=255) gCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTc > 2:1904525/1‑100 (MQ=255) cgatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCa < 1:2332696/100‑1 (MQ=255) gttcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGGTCACGCGTCGCGTCGTCCGGCTTAACCCACATGGTTGTGGGTCCTAGGCCCTTCCTCCTGTTGTTCAg > 2:1414195/3‑100 (MQ=255) gatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAg < 2:2104279/100‑1 (MQ=255) gatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAg > 2:3005951/1‑100 (MQ=255) gatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAg > 1:1010948/1‑100 (MQ=255) atcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGa > 1:3116711/1‑100 (MQ=255) tcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGaa < 1:982696/100‑1 (MQ=255) gatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAg < 1:3487137/100‑1 (MQ=255) atACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAgg > 2:1800625/1‑100 (MQ=255) tACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGt < 2:2747710/100‑1 (MQ=255) aCGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTg < 2:3477638/100‑1 (MQ=255) cGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGc > 1:2104085/1‑100 (MQ=255) gtCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAAc > 1:2235396/1‑100 (MQ=255) gtCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAAc < 2:332468/100‑1 (MQ=255) cgcgGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACtt < 1:3687116/100‑1 (MQ=255) cgGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTaa < 2:788447/100‑1 (MQ=255) gtcAGACTTCATACGCTCACGCGTCGCGTCTTCCTGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAAc < 2:1812394/98‑1 (MQ=255) aGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGtt > 1:767209/1‑100 (MQ=255) gACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTa > 1:761220/1‑100 (MQ=255) gACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTa > 1:289947/1‑100 (MQ=255) aCTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTAt < 1:637637/100‑1 (MQ=255) cTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCAAGGCCATTAATCCTGTTGTTCAGAACGGTGCAACTTAACGtcctc > 1:2032970/1‑96 (MQ=255) ttAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGGCATTACTCCTGTTGTTCAGACATGTGCAACTTAACGTTATCg < 1:3476408/100‑1 (MQ=255) aaTACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTg < 2:1198583/100‑1 (MQ=255) aTACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGa < 2:2233323/100‑1 (MQ=255) aTACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGa > 2:1071561/1‑100 (MQ=255) tACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGaa < 1:3934827/100‑1 (MQ=255) tACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGaa < 2:3626372/100‑1 (MQ=255) cTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAatat > 1:4013849/1‑100 (MQ=255) cACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATcc > 2:3545787/1‑100 (MQ=255) cACGCGTCGCGTCGTCCAGCTAAACTCCCATGGTGGCGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATcc < 2:3785530/100‑1 (MQ=255) cgcgtcgcgtCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCat > 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cccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAACTATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCAt < 1:3272775/100‑1 (MQ=255) cccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCAt < 2:3225810/100‑1 (MQ=255) cccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCAt > 1:1773983/1‑100 (MQ=255) cccATGGTGGTGGGTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTAATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCAt > 2:1342508/1‑100 (MQ=255) ccATGGTGGCGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATg < 2:3456656/100‑1 (MQ=255) tggtggtggTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTa < 1:1669133/100‑1 (MQ=255) gtggtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTaaa > 2:1903782/1‑100 (MQ=255) gtggtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTaaa < 1:961247/100‑1 (MQ=255) ggtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAAtg < 2:1992830/100‑1 (MQ=255) ggtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAAtg > 1:3043644/1‑100 (MQ=255) gtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAAtgt > 1:3707613/1‑100 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 2:3904780/100‑1 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 1:2043191/100‑1 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 2:2764972/100‑1 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 2:2273023/100‑1 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 1:2288990/100‑1 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 2:2642653/100‑1 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGAc < 1:2756639/100‑1 (MQ=255) cccAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATg < 2:2955303/100‑1 (MQ=255) | TTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGC > NC_000913/1078786‑1078978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |