| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,008,526 | A→C | I84L (ATC→CTC) | yedE → | UPF0394 family sulphur transport domain‑containing inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,008,526 | 0 | A | C | 96.8% | 422.5 / 0.9 | 127 | I84L (ATC→CTC) | yedE | UPF0394 family sulphur transport domain‑containing inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base C (72/50); total (75/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GCTCCTGCAACTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGATCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCGAATGCCGCGCAGCCGTATCCGCATTATGCAGGCCA > NC_000913/2008429‑2008622 | cTGCAACTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCg < 1:842254/100‑1 (MQ=255) cTGCAACTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCg < 2:1015134/100‑1 (MQ=255) tGCAACTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCgc > 1:2857129/1‑99 (MQ=255) cAACTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTa > 1:2892761/1‑100 (MQ=255) aCTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATg < 2:2269237/100‑1 (MQ=255) cTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGt < 1:3722281/100‑1 (MQ=255) 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tGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCttt > 2:15722/1‑100 (MQ=255) gCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTg > 1:1699464/1‑100 (MQ=255) gCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTg > 1:1699131/1‑100 (MQ=255) cTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGc > 1:2093883/1‑100 (MQ=255) cTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGc > 2:36148/1‑100 (MQ=255) cTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGc > 1:2161048/1‑100 (MQ=255) cTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGc < 2:10852/100‑1 (MQ=255) tGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGcc < 1:36772/100‑1 (MQ=255) tGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGcc < 1:752884/100‑1 (MQ=255) tGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGcc > 1:2670208/1‑100 (MQ=255) gAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCg > 1:1391859/1‑100 (MQ=255) aaGAGTGGGTTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATTGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGc < 2:3138641/100‑1 (MQ=255) agcgTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCa < 1:395009/97‑1 (MQ=255) gagTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAg > 2:1306700/1‑100 (MQ=255) gagTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAg < 2:1227762/100‑1 (MQ=255) gagTGGGGTCACGTGAAAATTATCCATCTGGAAGGAGCGCCATGAACCCGCAGCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAg > 2:1743873/1‑100 (MQ=255) agTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAgc > 1:2465310/1‑100 (MQ=255) agTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAgc > 2:1711885/1‑100 (MQ=255) gTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAgcg < 2:2572320/100‑1 (MQ=255) ggggTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCt > 2:2878782/1‑100 (MQ=255) ggTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCtgt > 1:4042342/1‑100 (MQ=255) ggTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCtgt > 1:1330050/1‑100 (MQ=255) ggTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCtgt > 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ttAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCGGTGGGCcaa > 2:2664493/1‑100 (MQ=255) aaTTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAAt < 1:2844223/100‑1 (MQ=255) aaTTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAAt < 2:1138542/100‑1 (MQ=255) aTTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATg > 1:2267940/1‑100 (MQ=255) aTTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATg < 1:765709/100‑1 (MQ=255) aTTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATg < 1:1759061/100‑1 (MQ=255) tATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTc > 1:3656898/1‑100 (MQ=255) aTCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCa < 1:465158/100‑1 (MQ=255) aTCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCa < 1:2731244/100‑1 (MQ=255) ccATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCaaa > 1:2711306/1‑100 (MQ=255) cagcTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGGCGGGATGATGCTCCGCGGTATGTTTGGCGGCGGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAAc < 2:3919850/97‑1 (MQ=255) cATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAAc > 2:863313/1‑100 (MQ=255) cATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAAc > 1:408211/1‑100 (MQ=255) tCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTg < 1:1434691/100‑1 (MQ=255) tGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGCTCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCg > 2:2120474/1‑100 (MQ=255) 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atgatgctCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCGAATGCCGCGCAGCCGTATCCGCATTATGCAgg > 2:2839420/1‑100 (MQ=255) tgatgctCCTCGGTCTGTTTGGCGGCCCCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCGAATGCCGCGCAGCCGTATCCGCATTATGCCGGc > 2:1353516/1‑100 (MQ=255) gatgctCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCGAATGCCGCGCAGCCGTATCCGCATTATGCAGGcc > 2:3024930/1‑100 (MQ=255) atgctCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCGAATGCCGCGCAGCCGTATCCGCATTATGCAGGCca > 2:403609/1‑100 (MQ=255) | GCTCCTGCAACTGTTCGGCGTCCATGCTGAAGAGTGGGGTTACTTTAAAATTATCCATCTGGAAGGATCGCCATTAACCCGCATCGACGGGATGATGATCCTCGGTATGTTTGGCGGCTGCTTTGCCGCAGCGCTGTGGGCCAACAATGTCAAACTGCGAATGCCGCGCAGCCGTATCCGCATTATGCAGGCCA > NC_000913/2008429‑2008622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |