Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,509,880 | 0 | A | C | 31.2% | 302.5 / 29.0 | 128 | D84A (GAC→GCC) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/16); new base C (1/38); total (71/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-18 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CCAGAACCATGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGT‑GATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAA‑CGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGG‑ATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGG‑ACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCAATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGCGCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTGGCA > NC_000913/2509646‑2510113 | acaaaacttttttgttTTTATCGCTCCCCGCGGGGGCAATTGGGGTTGGTTCCCGTTTTTTTTTGGTTGGGGG‑GAAAAAAATCCCCTGGGTTTTCAAAAATTTGCCCTGGAAA‑CGCCTCCCGGGAACCTTGGGGATAGCCCAGG‑TTTCCCCCCTCTGGATCTTCGTTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCTTTTCAGCCAGGGTCATGCCGG‑ACCAGcccc < 2:87755/227‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |