| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3083831 = | 218 (1.100) | 38 (0.210) | 21/178 | 15.7 | 16.2% | intergenic (‑34/+104) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding |
| ? | NC_000913 | 3083868 = | 195 (1.080) | intergenic (‑71/+67) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3083937‑3083831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaagggttGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTAC > NC_000913/3083868‑3083965 TAAGTTCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAACTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCG > 2:3341591/1‑99TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGCTAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAGCCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCG > 1:4494048/1‑99TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCG > 1:2667002/1‑99TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACAATTACTCGTCGGGCCTAACGACGCG > 2:3485271/1‑99 AGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTCAGACAAATGCGGCCCTTCCTCGTCGAGCGTAACGAGGCGGg > 2:486924/1‑98 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAA > 2:859478/1‑99 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAA < 1:1479567/99‑1 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAA < 1:3260492/99‑1 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAA < 2:3958516/99‑1 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAA < 1:1853760/99‑1 TCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG < 1:809898/99‑1 TCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG < 2:1622668/99‑1 TCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG > 2:3335493/1‑99 TCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG > 2:4912119/1‑99 TCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG < 2:922525/99‑1 CTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGG > 2:1099220/1‑99 CTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGG > 2:5015085/1‑99 CTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGG > 2:3487109/1‑99 TGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGT > 2:2509219/1‑99 TGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGT > 2:4230455/1‑99 aGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACATTTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTTGTCGGGCCTCACGACGGGGAAGGGctt > 2:3628380/2‑96 TGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTG < 1:1734781/99‑1 TTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCAAACCCTTCCTCGTCCGGCCTAACAATGCGGAAGGGTTGGATTTG > 2:1894232/1‑99 GTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGAT > 1:2907184/1‑99 GCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCT > 1:299364/1‑99 GCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCT > 1:143530/1‑99 CACAATTTATTGTGACAAATCCCACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGGAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGCTTATCACCGCTAA > 2:3983337/1‑99 CACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAA > 2:1607256/1‑99 ACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAA > 1:3132689/1‑99 TTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAA > 1:1382200/1‑99 GACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTC > 2:917339/1‑99 CAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAA < 1:4479269/99‑1 AAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAG > 1:3725812/1‑99 ATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTA > 2:774474/1‑99 TCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAA > 1:4865947/1‑99 CCAACCCTTCGTCGTCGGGCCTAACGACGGGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTATCGGATTATCACAGCTGTATTAAGCGGATTCAAGTAAC > 2:3662756/1‑99 CCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAAC > 1:3445153/1‑99 CAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAGGTAACA > 2:3985845/1‑99 CAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACA > 1:728167/1‑99 CAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACA > 1:1823649/1‑99 AACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGCAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACAC > 2:1030750/1‑99 CCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGCAGGGTTGGCTTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 2:2882618/1‑99 CCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 1:3466906/1‑99 gCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGGTTATCACCGATAAATTAAGCGTATTCAAGTCACACAGG > 2:3606670/2‑99 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGG > 1:1347835/1‑99 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGG > 1:293944/1‑99 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGG > 1:731747/1‑99 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGG > 1:1017161/1‑99 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGTGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 2:1056213/1‑99 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:4866327/1‑99 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:4162591/1‑99 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:1916262/1‑99 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATAATCACCGATAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 2:4967246/1‑99 TTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:4464670/1‑99 TTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 2:4216913/1‑99 TTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:3072476/1‑99 TTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:674353/1‑99 CTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTA > 1:1651043/1‑99 GGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCT > 1:4620288/1‑99 GGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTTGCGGATTATCACCGCTAAGTTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCCTCAAGATAAGTAT > 1:4673505/1‑99 GGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTAT < 1:1128718/99‑1 GGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTAT > 1:3105405/1‑99 GGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTAT < 1:1128069/99‑1 GGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTAT > 1:3915906/1‑99 GAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATA > 2:2825045/1‑99 AAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAA > 2:3387274/1‑99 GGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACC < 2:2022449/99‑1 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 2:1463954/1‑99 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG < 1:942430/99‑1 GTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGT > 1:338948/1‑99 GTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGT > 1:367553/1‑99 TTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA > 2:3378378/1‑99 TTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA < 1:248450/99‑1 TTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA > 1:4234669/1‑99 TTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA > 2:1642733/1‑99 TTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA > 1:972941/1‑99 TGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTAC > 1:2950461/1‑99 TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3083937‑3083831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaagggttGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTAC > NC_000913/3083868‑3083965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |