Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 422,218 | 0 | C | T | 23.4% | 164.1 / 14.7 | 79 | F411F (TTC→TTT) | proY | proline‑specific permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/50); new base T (18/0); total (28/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAAC‑GCCGCCACGATCGTCAGC‑TGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGA > NC_000913/421982‑422454 | gTTCCGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTcc < 1:1152039/238‑1 (MQ=255) gTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCTGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGTCAGATGTTcc > 2:2510/1‑238 (MQ=255) tACGTTGCGGGTGATGACTTCCGCGCTGCTGTTTGCGGGGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCGTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTg < 1:537418/238‑1 (MQ=255) tACGGTGCTGGGTAGTACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTTTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTg < 2:1921533/238‑1 (MQ=255) cTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTCAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCTGGCGGATTTTCATGCTCcttct > 2:41022/1‑237 (MQ=255) tGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGGCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGATGTTCAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGCTTTTCCTGctcgt > 2:1166666/1‑233 (MQ=255) ctatgaCTGCAGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTCAAGCATGCCGGAAAACGTGTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTACTGCTCtt < 2:594682/230‑1 (MQ=255) 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tgTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑Ac < 1:1166666/239‑1 (MQ=255) tGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGATTTTTCTGCCCTTTATTATT‑GGGGGGAT‑TGGTTATT‑Ac > 2:256020/1‑235 (MQ=255) gtgtgtAGCTGAACTATCGCCTGCTGGATAACGTTTTCCTGGTGGTCGGTGCGCTTGCAAACGTCGCCTCGGTGTGGGGTTTGATTGTTACCCTGCTGTCGCAAATGGCCGTTCGTCGGGGGTGGCCGCCAGAAGAATTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAACAACGACCCTCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTTAT‑TGGTTATC‑ACCCGGAt < 2:1292353/237‑1 (MQ=255) tgtATCTGACCGTCATCATGCCGGAAAACGGCTGCGTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTGCGCCTCGGTGTGGGTGTGGAGTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCAACGGCGGGGTGATTTTCCTGCTTTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGa < 2:1919601/235‑1 (MQ=255) tgtATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGGTTTTTCTTCTTTTTTTTATT‑GGGGTGGT‑TGGTTATCAACCCGGAtcg > 1:951235/1‑237 (MQ=255) tCTGAACTACAGCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGGTCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGGGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGAATTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGATACGCGTa < 2:1840738/239‑1 (MQ=255) 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aCATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGGTTTTTCTGCTCTTTATTATC‑GGGGTGAT‑TGGGTTTC‑ACCCGGATAACCGTAtctc > 1:1459254/1‑235 (MQ=255) aCATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGATACGCGTATCTCGCTg < 2:1303036/239‑1 (MQ=255) atcatGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGGGATTTTTCCGTCCTTTTTTTTC‑GGGGTGATATGGTT‑TG‑ACCCGGGTTCGCGTAtctc > 2:484132/1‑233 (MQ=255) 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tgctgTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGGGGGGCAGCAACGACCATCGGCGGGGTGCTTTTCCTTCACTGTTTTTTC‑TGGTTGGC‑TGGTTTTC‑TCCCCGACACGCGGCTCTCGTTCTGTGTGGGGTTTGCCGGGGTTGGTTTGTTG‑TTGTCTTGCTGGATTTTTTTAC‑TCAGCCACCACCGTccacgagcgtac > 2:1343471/1‑228 (MQ=255) tgTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAAC‑GCCGCCACGATCGTCAGC‑TGGCTGaaaa < 1:2510/238‑1 (MQ=255) gTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGATTTTTCTTCTCTTTTTTTAC‑GGGGTGAT‑TGGGTTTC‑ACCCgggt > 2:1103655/1‑140 (MQ=255) gtCCGTGACCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCGGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGATCCGCGTATCTCGCTGTAGGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TGGATGGGCTGGATGTTTAAAC‑GCCGCCACGATCGTCAGC‑TGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCg < 2:1483775/238‑1 (MQ=255) 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| GTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATC‑GGGTTGAT‑TGGTTATC‑ACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTG‑TTGATTGGCTGGATGTTTAAAC‑GCCGCCACGATCGTCAGC‑TGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGA > NC_000913/421982‑422454 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |