| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3187424 | NA (NA) | 39 (0.870) | 30/276 | NT | 100% | intergenic (+11/‑1) | insD1/yqiG | IS2 transposase TnpB/pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| ? | NC_000913 | = 3485937 | 0 (0.000) | intergenic (‑121/‑181) | yhfA/crp | OsmC family protein/cAMP‑activated global transcription factor, mediator of catabolite repression | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTGGCTC > NC_000913/3485789‑3486085 | ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATg < 2:705168‑M2/5‑1 (MQ=255)ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATg > 1:26637‑M2/145‑149 (MQ=255) tcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTa < 2:359753‑M2/8‑1 (MQ=255) tcccccTTCTCTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggat > 2:675296‑M2/2‑144 (MQ=255) tgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagcttcagggcgccggtctaCTATGCTAAAACa > 1:105014‑M2/137‑149 (MQ=255) ttCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCTTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGCCCCAAAGCGAAAGCTATTtgtattttccc > 2:469712‑M2/1‑138 (MQ=255) ttCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGCAGCGACACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgccc > 2:566007‑M2/1‑138 (MQ=255) ttCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgccc > 2:376202‑M2/1‑138 (MQ=255) tcccccgcgcttgcATTGTTGCGACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccc > 2:207506‑M2/6‑137 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCa > 1:499639‑M2/133‑149 (MQ=255) acgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAgg > 1:77280‑M2/131‑149 (MQ=255) tCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctcta < 2:566723‑M2/149‑17 (MQ=255) cgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaagctggtattaagactatcacttagttaagtgctattggttgtctggagattcagggggccagtgtaCTATGCTAAAACAGTCAAGATGc > 1:98253‑M2/127‑149 (MQ=255) gtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactggtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCt > 1:624564‑M2/126‑149 (MQ=255) gtctgcgtttctccggccctaagacagcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactactattaagactatcacttatttaagtgatattcgttgtctcgagattcagggagccaggctaCTAGGCTACAACACTCCGgctgct > 2:797631‑M2/126‑149 (MQ=255) cTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTCTGtggatttgcccctatatttcc > 1:421400‑M2/1‑128 (MQ=255) gCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccaga > 1:133762‑M2/1‑125 (MQ=255) ttgtccggccctacgacatcattcatctgttctccaatgactattctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatatttgttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAAt < 2:354809‑M2/32‑1 (MQ=255) ttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattgagactatcacttatttaagtgatattggttgtgtggagattcggggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGCAAt > 2:598102‑M2/118‑149 (MQ=255) ttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAAt < 1:778867‑M2/32‑1 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactcgtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATCCTACAGTAATACa > 2:124588‑M2/115‑149 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACa > 1:441082‑M2/115‑149 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACa > 2:250745‑M2/115‑149 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctcttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACa > 1:398455‑M2/115‑149 (MQ=255) gcccctaagacatcaatcatctgttctccactgtctagtccaaaacctattattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTg < 2:365102‑M2/38‑1 (MQ=255) tACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGACATGCTGAAGCGAGACACCCGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacctctgttat < 2:245761‑M2/149‑35 (MQ=255) cctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtataCTATGCTGAAACAGTCAGGATGCTACAGCAATACATTGATg > 1:220423‑M2/109‑149 (MQ=255) cTCCACGGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:424974‑M2/1‑113 (MQ=255) aagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTAc > 2:411919‑M2/106‑149 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCAt > 1:564097‑M2/101‑149 (MQ=255) gtaatttttcctgaCAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca > 2:282800‑M2/6‑104 (MQ=255) aaTTGCCCTGCCAGCGTACGCGTACTAGCCAAAGCGCGCAACGGAAGGCGAGCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 2:643478‑M2/1‑101 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCaaa < 2:77280‑M2/58‑1 (MQ=255) 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ggggccagtctaCTATGCTAAAACCGTCAGGATGCTACAGTAATAGATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAg < 2:327596‑M2/137‑1 (MQ=255) aaGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgccccg < 2:4935‑M2/149‑136 (MQ=255) aaGCGAAAGCTATGtggatgtgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcaaagatgcccgtggccagcgataaccccgcgcaccatgccgaggccattcgttataatgctcgaacgccccc < 2:207580‑M2/149‑136 (MQ=255) ccattctaCGATGCTAAGACAGTCAGGCTGCTACAGCAATACATTGATTGACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAgctgc < 2:24091‑M2/141‑1 (MQ=255) ccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAgcggc < 2:334495‑M2/141‑1 (MQ=255) cagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGACGCATATTTCGGCAATCCCGAGACCgcggcg > 2:656738‑M2/8‑149 (MQ=255) agtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTCGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGGGGCAGCGGCGt > 2:528972‑M2/7‑149 (MQ=255) gAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccatgcgttataatgctcgaacgccgctgcaa < 1:178510‑M2/149‑140 (MQ=255) gAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccaattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccatacgttataatgctctaacgcctctgcaa < 1:455408‑M2/149‑140 (MQ=255) aaaGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaag < 1:1271‑M2/149‑141 (MQ=255) aaGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaagg > 1:529849‑M2/1‑8 (MQ=255) tgtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcacgtggcgagcgataacccagcgcactctgcggatgccattcgttgtaatgctaggacgcctctgcaaggttcttt < 2:579123‑M2/149‑148 (MQ=255) gtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttg > 2:764817‑M2/1‑1 (MQ=255) gtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttg < 2:121590‑M2/149‑149 (MQ=255) gtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttagactgctcgaacgcccctccaaggttctttg < 2:38194‑M2/149‑149 (MQ=255) gtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcacgatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggtgctttg < 2:664590‑M2/149‑149 (MQ=255) gtggatttgcccccatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttg > 2:576513‑M2/1‑1 (MQ=255) | CTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTGGCTC > NC_000913/3485789‑3486085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |