| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3186094 = | NA (NA) | 109 (1.020) | 81/296 | 0.2 | 95.6% | intergenic (+6/‑91) | yqiG/insC1 | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein/IS2 repressor TnpA |
| ? | NC_000913 | 3485933 = | 5 (0.050) | intergenic (‑117/‑185) | yhfA/crp | OsmC family protein/cAMP‑activated global transcription factor, mediator of catabolite repression | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3186241‑3186094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTT > NC_000913/3485933‑3486076 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAC > 2:611897/1‑149 TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCATGGGGCCAGTCTACTt > 1:768874/1‑148 TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTt < 1:156027/149‑2 TTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTCAGTGATATTGGTTGGCTGGAGGTTCAGGGGGCCAGTCTACTATG > 2:30217/1‑149 TTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGAGTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCT > 2:1282737/1‑149 TTCCTGTGCGCTACGCCGTCTTCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCT < 1:1116242/149‑1 TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGCTTGCCTGGAGATTTAGGGGGCCAGTCTACTtaagaa < 2:1761877/149‑7 GTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAAC > 1:1262507/1‑149 GGTACGCCGGCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTC < 2:224441/149‑1 GTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCA > 1:1571602/1‑149 TACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCCCCCGCTCGGTTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAG > 1:1746318/1‑149 ACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCAACTATGCTAAAACAGTCAGG > 1:968316/1‑149 CGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGA < 1:441565/149‑1 CGCCGGCGGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGA < 1:441751/149‑1 GCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGAT < 1:1688318/149‑1 GCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTC > 1:569900/1‑144 GCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTC < 2:569900/144‑1 CCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATCCTAAAACAGTCAGGTTG > 2:1128157/1‑149 TCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTA < 2:1653960/149‑1 TCTGCGTTTCTCCCGTCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTATAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATCGGTTGCCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTA < 2:1127470/149‑1 TGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACA > 1:1067592/1‑149 CTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATAC > 2:725560/1‑149 TCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACA > 1:7540/1‑149 TCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGACTAAAAACTCGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTGATACA > 2:523083/1‑149 CGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCTAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAAGAGTCAGGATGCTACAGTAATACATT > 1:1089642/1‑149 CGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATT > 1:1068656/1‑149 GGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAGTACATTG > 2:1752936/1‑149 CCCTAGGCCATCAATCCTCTGCTCTCCACTGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGAT < 2:42686/149‑1 TAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGAGTAGCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACCGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTA > 2:297666/1‑149 TAAGAAATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTA < 2:158932/149‑1 AGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACT < 2:1658747/149‑1 AGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACT > 1:1345824/1‑149 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCAT > 1:1539310/1‑149 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGCCAGGCTACTACAGTCATCCCTTGATGTACTGCAT > 1:1741507/1‑149 AATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGCCAGGATGCTACAGTAATAGATTGCTGTACTGCATGTA > 2:135150/1‑149 gTCATCGTTTCTCCAATGACTATTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGGGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTAGGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTAT < 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1:1586555/1‑149 TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGC < 1:626617/149‑1 TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGC > 2:1399381/1‑149 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCA > 2:413181/1‑149 TGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCCTCTTTCGGCAA > 1:670699/1‑149 gggGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGGCGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAAT < 2:457313/146‑1 ggatgTTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCGGGATGCTGCAGTAATACTTTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGCCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAAT < 2:456957/144‑1 GAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATC < 2:1345824/149‑1 AGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCC > 1:344441/1‑149 AGATTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCC > 1:1382569/1‑149 gtgCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAG < 2:1221026/146‑1 TTCAGGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCCGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGA > 1:593711/1‑149 TTCAGGGGGCCAGGCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGA < 1:78645/149‑1 GGGGGCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTAGCGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCCTCTTTCGGCAGTCCAGAGACA > 1:516026/1‑149 GCCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGG < 1:48884/149‑1 CCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGC > 1:1689626/1‑149 CCAGTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATAACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGC < 1:1282737/149‑1 CCAGTCTACTATGCGAAAACAGTAAGGATGCAACAGTAATACTCTAAAGTACTGTATGTATGCAAAGGACGTCACATTCCCATGCAGTACAGTTGACAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGC < 2:797813/149‑1 CAGCCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCTTGTAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCG < 1:1128157/149‑1 GTCTACTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTT < 2:1068656/149‑1 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3186241‑3186094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTT > NC_000913/3485933‑3486076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |