| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2406857 = | 2 (0.020) | 110 (1.030) | 72/294 | 0.5 | 98.2% | intergenic (‑218/‑702) | lrhA/alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/glutamate‑pyruvate aminotransferase; glutamic‑pyruvic transaminase (GPT); alanine transaminase |
| ? | NC_000913 | = 2997688 | NA (NA) | intergenic (‑90/+2) | insC1/ygeQ | IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant | |||||
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TTGTAATGTGCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGATCCGT > NC_000913/2406709‑2407003 | ctatctttgcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaagcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 1:448853‑M1/149‑149 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccttaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 2:1671536‑M1/149‑149 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcagtcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcggggggccagtcta > 1:1218336‑M1/149‑149 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactcgtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggcaagtcta < 2:319647‑M1/1‑1 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta < 1:704191‑M1/1‑1 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta < 1:789937‑M1/1‑1 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 1:1759511‑M1/149‑149 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 1:973019‑M1/149‑149 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta < 2:1453498‑M1/1‑1 (MQ=255)cgatcttttcctgggtggtacgccggctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 2:364668‑M1/149‑149 (MQ=255)cgagcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 2:1245364‑M1/149‑149 (MQ=255) gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggggattcagggggccagtctAg < 1:245097‑M1/2‑1 (MQ=255) gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAg < 1:1169125‑M1/2‑1 (MQ=255) atcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGt > 1:453817‑M1/147‑149 (MQ=255) atcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGt < 2:1323677‑M1/3‑1 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattccgggggccagtctGGTTac < 1:1008668‑M1/6‑1 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttccccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtggtattggttgtctggagattcagggggccagtctagactt < 2:229429‑M1/6‑5 (MQ=255) gtgCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCCCATTGTTCCGTTATAATGCATGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGCATCGCATATCTTTTAAGTAactc > 2:1290789/1‑149 (MQ=255) 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tgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTAATCACTCTTTTCTATTTATGACa < 2:360094‑M1/28‑1 (MQ=255) tCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttcca < 2:371007‑M1/149‑22 (MQ=255) gtttctccggcactaagacagcagtcattagctctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcactgatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATgc > 1:853497‑M1/119‑149 (MQ=255) gAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATACCTTCAGAGATCGCAAATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagaca > 2:1419243‑M1/1‑124 (MQ=255) aaCCCGTACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATACATCTTCAGGGATCGCATATCGATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacat < 1:59898‑M1/149‑27 (MQ=255) 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2:792136‑M1/30‑149 (MQ=255) gttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCCCTCTTTTCGATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGCAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTg > 2:1166019‑M1/29‑149 (MQ=255) gttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTAc < 1:1234846‑M1/107‑1 (MQ=255) ttCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactattcggatgccattcgttgtaat > 1:36615‑M1/1‑29 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAggcgg < 1:538954‑M1/127‑1 (MQ=255) gatccagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACTCGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATc > 1:1079860‑M1/19‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |