| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2406863 | 1 (0.010) | 97 (0.910) | 71/294 | 0.5 | 99.0% | intergenic (‑224/‑696) | lrhA/alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/glutamate‑pyruvate aminotransferase; glutamic‑pyruvic transaminase (GPT); alanine transaminase |
| ? | NC_000913 | 2996360 = | NA (NA) | intergenic (‑2/+10) | ygeO/insD1 | pseudogene, orgA family, part of T3SS PAI ETT2 remnant/IS2 transposase TnpB | |||||
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TGTGCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGATCCGTCATTTAT > NC_000913/2406715‑2407010 | tgtgCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCGTATCTATTAAGTTACT < 2:716026‑M1/149‑1 (MQ=255)tgtgCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACT > 2:850930‑M1/1‑149 (MQ=255) gtgCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCCCATTGTTCCGTTATAATGCATGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGCATCGCATATCTTTTAAGTAactc > 2:1290789/1‑149 (MQ=255) tgCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTgg < 1:1734547‑M1/149‑3 (MQ=255) tcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTactca > 2:644368‑M1/141‑149 (MQ=255) ctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTactcact < 2:973498‑M1/11‑1 (MQ=255) ccTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggat < 2:1356840‑M1/149‑5 (MQ=255) cTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatt < 1:1057838‑M1/149‑6 (MQ=255) cccctGGCAGTCTCATCCGGAACCCGGACGAAACTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggattt < 1:828757‑M1/148‑7 (MQ=255) cTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATGAAGTTACTggatttgcc > 1:606916‑M1/1‑140 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcacctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCt < 2:1726743‑M1/18‑1 (MQ=255) gCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccct > 2:1534119‑M1/1‑137 (MQ=255) gTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctata > 1:185661‑M1/1‑134 (MQ=255) gTTTCATCCGGAACCAGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGCATCGCATCTCTATTAAGTTACTggatttgccccttta > 2:1539800‑M1/1‑134 (MQ=255) tctgcgtttctccggcgctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtcgaaaacatagtattaagactatcacttatttaagcgataccttttggcggtagtttcatggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGa < 2:1259303‑M1/26‑1 (MQ=255) aTCAGGATCCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGATCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttcc < 1:1203031‑M1/149‑21 (MQ=255) tgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACa < 1:456087‑M1/28‑1 (MQ=255) tgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTGTCTATTTATGACa < 2:491787‑M1/28‑1 (MQ=255) 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cggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagcctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTATTATCTGTTTATGACATGCGCGTGtt < 2:368799‑M1/38‑1 (MQ=255) gACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgtta < 1:1540353‑M1/149‑33 (MQ=255) gccctaagacatcaagcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTATTTCGTATTTATGACTAGCGCGTGGTTg < 2:1466338‑M1/40‑1 (MQ=255) gAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatca < 1:1561667‑M1/149‑36 (MQ=255) aaaGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac < 1:1774064‑M1/149‑37 (MQ=255) aaaTGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc > 1:375898‑M1/1‑106 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTAtaaatgtaa < 1:1724172‑M1/51‑1 (MQ=255) gCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGAATCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 2:125572‑M1/149‑48 (MQ=255) caaatgagTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:870648‑M1/146‑49 (MQ=255) atctgttcgccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGa > 2:1071198‑M1/93‑149 (MQ=255) agctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGa > 1:273669‑M1/93‑149 (MQ=255) ctgttttccaatgattagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGt > 2:440447‑M1/91‑149 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTc < 1:1469408‑M1/60‑1 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGGAAATGTGAGTc < 1:860780‑M1/60‑1 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTcc > 1:74999‑M1/89‑149 (MQ=255) 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tAAAAAAGCGACTCACATTGTTCGGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATGTATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgc > 1:980663‑M1/1‑87 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatagtggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCActct < 1:501005‑M1/73‑1 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttattgaagtgatattggttgtcaggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGAGATGCGCGTGTTTGTATAACTGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACtctc > 1:1002407‑M1/76‑149 (MQ=255) taaagacgagtattaagactatgacttatttaagtgatatgggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCGTTTCTATTTATGACGTGCCCGTGGTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTgca > 2:743121‑M1/71‑149 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTgca < 1:1687920‑M1/79‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |