| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3187424 | NA (NA) | 108 (1.010) | 75/296 | 0.4 | 98.2% | intergenic (+11/‑1) | insD1/yqiG | IS2 transposase TnpB/pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| ? | NC_000913 | = 3485937 | 2 (0.020) | intergenic (‑121/‑181) | yhfA/crp | OsmC family protein/cAMP‑activated global transcription factor, mediator of catabolite repression | |||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTGGCTC > NC_000913/3485790‑3486085 | ttCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAACGCGACCTGGGTCATGCTGCAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGCAAGCTATGt < 1:689188‑M2/149‑2 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagagtatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCt > 2:1282737‑M2/143‑149 (MQ=255) gtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAAc > 1:1262507‑M2/138‑149 (MQ=255) cccctacccgcGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCACTTTTCCTGACAGAGTCCGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGCGACACCAGGAGCCACAAACCGAAAGCTCTGtggatttgc < 2:1548942‑M2/144‑10 (MQ=255) aCTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCACGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgt > 2:1306297‑M2/1‑140 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCa > 1:1571602‑M2/133‑149 (MQ=255) acgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcaaCTATGCTAAAACAGTCAgg > 1:968316‑M2/131‑149 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGa < 1:441565‑M2/20‑1 (MQ=255) cTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctat < 1:883157‑M2/149‑16 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTc > 1:569900‑M2/129‑144 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGAt < 1:1688318‑M2/21‑1 (MQ=255) ccgtctgcgtttcgctggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATg < 1:18897‑M2/22‑1 (MQ=255) tctgcgtttctcccgtcctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtataaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatatcggttgcctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTa < 2:1127470‑M2/25‑1 (MQ=255) tggcaTTTTTGCTACTCCACTGCGCCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttcca > 1:412507‑M2/3‑127 (MQ=255) tgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACa > 1:1067592‑M2/123‑149 (MQ=255) gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAg > 1:1439372‑M2/122‑149 (MQ=255) ctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATAc > 2:725560‑M2/116‑149 (MQ=255) ttGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGCCATTCGAAGTGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagccatctg < 1:1023694‑M2/149‑31 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACa > 1:7540‑M2/115‑149 (MQ=255) tctACTCCACTGCGTCAAGTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAACTAGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGGTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 2:391737‑M2/2‑117 (MQ=255) gCTACTCCACTGCGGCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAACCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 2:1377233‑M2/1‑117 (MQ=255) cggccctaagacatcaatcatctgttctctaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAAGAGTCAGGATGCTACAGTAATACAtt > 1:1089642‑M2/113‑149 (MQ=255) cTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGACGAGAGACAACAGGAGACACAAAGCGATAGCTATAtggatttgcccctatatttccagagatccgtta < 1:1122791‑M2/149‑34 (MQ=255) aCTCCACGGCGGCCACTTTCCTGAGAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGTGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAGAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc > 2:348412‑M2/1‑114 (MQ=255) tCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGCCCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttacagacatctgttataac < 2:1437567‑M2/149‑38 (MQ=255) taagaaatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTa < 2:158932‑M2/43‑1 (MQ=255) agacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACt < 2:1658747‑M2/45‑1 (MQ=255) agacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACt > 1:1345824‑M2/105‑149 (MQ=255) cGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCCAAAGCTATGtggatttgctcctatctttctagacatctgttatcacttaaccc > 1:984430‑M2/1‑105 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCAt > 1:1539310‑M2/101‑149 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGt > 1:799124‑M2/99‑149 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGCCAGGATGCTACAGTAATAGATTGCTGTACTGCATGTa > 2:135150‑M2/98‑149 (MQ=255) gtcatcgtttctccaatgactattctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagggatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTAGGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTAt < 2:444774‑M2/53‑1 (MQ=255) aTTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:463790‑M2/149‑50 (MQ=255) tCCTGGCAGGTTCCGCGTACTAACCATATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagc > 2:1392118‑M2/1‑96 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGCCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCaaa < 1:938400‑M2/58‑1 (MQ=255) tGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttaccacttaacccattccaagcccg < 1:1693411‑M2/149‑57 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGAc < 1:852906‑M2/62‑1 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAGTACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACg > 1:794750‑M2/87‑149 (MQ=255) aCAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattccaagcccgct < 2:864595‑M2/149‑59 (MQ=255) caatgacgagtctaaaaattaggattaagactatcacttatttaaatgctattggttgtctggagatttcgggggccagtctcCTAAGCTAAGACAGTAAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTca < 2:889895‑M2/66‑1 (MQ=255) aaaggactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTca < 1:55249‑M2/66‑1 (MQ=255) cgcgTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCCACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcaga > 2:313007‑M2/1‑83 (MQ=255) 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acaAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 1:817602‑M2/149‑133 (MQ=255) acaAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 1:1609642‑M2/149‑133 (MQ=255) ccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATAACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAgcggc < 1:1282737‑M2/141‑1 (MQ=255) aGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatctccagacatctgttatcacttaccccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctg > 1:110053‑M2/1‑13 (MQ=255) aGCCAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctg > 2:4224‑M2/1‑13 (MQ=255) 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gtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttg < 1:345517‑M2/149‑149 (MQ=255) gCTAAAACTGTCAGTATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTGGctc < 2:1646680/149‑1 (MQ=255) | TTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTGGCTC > NC_000913/3485790‑3486085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |