| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,546,010 | 0 | T | G | 25.0% | 191.3 / 14.4 | 108 | V130G (GTT→GGT) | nfuA | Fe/S biogenesis protein, putative scaffold/chaperone protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/43); new base G (27/0); total (65/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAGGTGTGCGCGAT > NC_000913/3545863‑3546158 | ttACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGtt < 1:1394393/149‑1 (MQ=255) aCCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTc < 1:1412721/149‑1 (MQ=255) cGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTCACGTGGCCAGCCAGGGGCAGAAACTTTTTGCCGGGGAGTCTATGCTGCAGTCGCAGAGCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGCCG‑CGTTTCGc > 1:1754180/1‑149 (MQ=255) cGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGGTTccc > 2:298486/1‑147 (MQ=255) cAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCAACTGCGTATATGCGTGAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCCCGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGAt > 1:872307/1‑149 (MQ=255) gggTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGATGAAGGaaa > 2:275757/1‑149 (MQ=255) gTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTCAAGAATCATACGGTGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATc < 1:1290991/149‑1 (MQ=255) ttCCCAGGCAACGCGGCAAGCCCCGAACCCCAAAATGCGGAAAGTGGCAGACGGTGCACCGCTGAGGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCCACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCa < 2:1245599/149‑1 (MQ=255) tCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGGTAGCCTGAAGGaaaaaac > 2:28879/1‑145 (MQ=255) gTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAg < 1:196736/149‑1 (MQ=255) ttAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGa < 1:981239/149‑1 (MQ=255) gCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGtt > 1:1350141/1‑149 (MQ=255) cTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACAGCAGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGGTTCGCTGATGGAAATCACGGAAGACGGGTa > 2:1622820/1‑149 (MQ=255) ttaaaGTCCCGAACGCCAAAATGCGTAAACTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTAc < 1:1179070/147‑1 (MQ=255) tGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTAc > 1:458893/1‑149 (MQ=255) tGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTAc > 1:1058026/1‑149 (MQ=255) aaaGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGc > 1:22176/1‑149 (MQ=255) aGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCa > 1:683106/1‑149 (MQ=255) 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aaCGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCa > 1:680025/1‑149 (MQ=255) cAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTg > 1:945886/1‑149 (MQ=255) cAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTg > 1:1696564/1‑149 (MQ=255) aTGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACGGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGGTTCGCTGAAGAGAATCAACGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAAtgacgcgg > 2:162401/1‑142 (MQ=255) tGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGGATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTGggccgc > 1:191661/1‑149 (MQ=255) cGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTggcggcgg > 1:774792/1‑149 (MQ=255) gTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCGGGTCACGGTGTTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTCCGCCATTCTGCAATTTggcggcggc > 1:359007/1‑149 (MQ=255) aaaGTGGCAGACGATGCACCGCGGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTg < 1:74/149‑1 (MQ=255) aaGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGGTACGCTGAAAGAAATAACCGAAGACGGTTACGCCAGTCGGCCAATTGGCGGCGGCCGt > 2:555150/1‑149 (MQ=255) tGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGGTACGCTTAAGGAAATCACCGAAGACGGTTACGACATTGTGCAACTTGGAGGCGGCTGGAAc > 2:1164258/1‑149 (MQ=255) 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acaGCTTGCTGGTCTCGGTGGTCGCCGTATC‑ATTAAAAAAAACACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAGGCAGCTGCTGGACGAAt > 2:533584/1‑149 (MQ=255) caGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCCGTATC‑CTTAAAAAAAACACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTGGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAACCAGCTGCTGAACGAAtt > 2:1542626/1‑149 (MQ=255) gCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTcc < 2:1648356/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATAACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAACA‑CGGGATCGAGAAGCCACTGCGGAACGAATTccc > 1:142280/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCg > 1:444807/1‑149 (MQ=255) 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gTCGCGGTGGTCG‑CGGTTTGATTAAAAAAAACACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAAATTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGAACGAGAAGCAGCTGCTGCACGAATTCCCGCGGCTg > 2:67782/1‑149 (MQ=255) gTCACGGTGGTCG‑CGTTTCCCTTAAAAAAAACACAGCAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGACGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTACCGAACGAATTCCCGGACCTg > 2:306234/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGaa < 1:1252156/149‑1 (MQ=255) atgggggtCG‑CGTTTCCCTGATGGAAAGCACCGAAGAGGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGaaa < 1:306234/144‑1 (MQ=255) ggtggtCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGGCGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAgg > 1:1032871/1‑149 (MQ=255) ggtggtCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAgg > 1:1530627/1‑149 (MQ=255) ggtCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAGgtgt < 2:1058026/149‑1 (MQ=255) tCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAGGTGTgc > 1:302052/1‑149 (MQ=255) g‑cgTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTACCGGTTGGTCCATGGTCGGTGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGCGCTGAAAGGTGTgcgc > 1:69755/1‑149 (MQ=255) gTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAGGTGTGCGCGa < 1:1601644/149‑1 (MQ=255) tttCGCTGATGGAAATCACCCAAGACCGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑ACGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGGATTCCCGGAGCTGAAAGGTGTGCGCGAt < 1:982771/149‑1 (MQ=255) | TTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCG‑CGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGA‑AGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAGGTGTGCGCGAT > NC_000913/3545863‑3546158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |