| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2406857 = | 0 (0.000) | 39 (0.900) | 30/274 | NT | 100% | intergenic (‑218/‑702) | lrhA/alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/glutamate‑pyruvate aminotransferase; glutamic‑pyruvic transaminase (GPT); alanine transaminase |
| ? | NC_000913 | = 2997688 | NA (NA) | intergenic (‑90/+2) | insC1/ygeQ | IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant | |||||
TTGTAATGTGCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGATCCG > NC_000913/2406709‑2407002 | cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 1:344974‑M1/149‑149 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagacgatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 2:68696‑M1/149‑149 (MQ=255)cgaccttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcta > 1:362413‑M1/149‑149 (MQ=255) gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggagccagtctAg < 1:342631‑M1/2‑1 (MQ=255) atcgtttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGt > 1:264539‑M1/147‑149 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTac > 1:528391‑M1/144‑149 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctacgacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTactctctc > 2:483227‑M1/138‑149 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgttcctccggccctaagacatcaatcatctgttctacaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTactcactc > 2:374718‑M1/138‑149 (MQ=255) tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCtttt > 2:365377‑M1/134‑149 (MQ=255) gggtacgccgtctgcgtttctccggtcctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttatctggagattcagggggccagactTGTTACTCACTCtttt > 1:575594‑M1/134‑149 (MQ=255) tGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACCGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTCCTggatttgccc > 2:457698‑M1/1‑139 (MQ=255) tGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgccc > 2:77667‑M1/1‑139 (MQ=255) tGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgccc > 1:542208‑M1/1‑139 (MQ=255) 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gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACAt > 1:712810‑M1/121‑149 (MQ=255) aCCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatc > 2:271414‑M1/1‑122 (MQ=255) cccGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatct < 1:696697‑M1/149‑29 (MQ=255) ggACTAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 2:571129‑M1/149‑32 (MQ=255) ggACGAAAGTAAAAGTGCATAGGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 2:73466‑M1/149‑32 (MQ=255) 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TTGTAATGTGCCTCCCTGGCAGTTTCATCCGGAACCCGGACGAAAGTAAAAATGCATATGAGTTGCACTAAAAAAGCGACTCACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGTTACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGATCCG > NC_000913/2406709‑2407002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |