| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,623,585 | A→G | E63G (GAA→GGA) | yhhH → | putative NTF2 fold immunity protein for polymorphic toxin RhsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,623,585 | 0 | A | G | 98.3% | 194.1 / NA | 59 | E63G (GAA→GGA) | yhhH | putative NTF2 fold immunity protein for polymorphic toxin RhsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (30/28); minor base T (0/1); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTA > NC_000913/3623439‑3623728 | tAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGAt < 2:1048336/149‑1 (MQ=255) aaCTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGc < 2:1222740/149‑1 (MQ=255) aTTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGatata > 2:873198/1‑149 (MQ=255) tttgtttgTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGa 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TAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTA > NC_000913/3623439‑3623728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |