| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,188,484 | Δ27 bp | 100% | coding (3136‑3162/4224 nt) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4188484 | 4188510 | 27 | 61 [0] | [0] 61 | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4188483 | 0 (0.000) | 58 (1.240) | 47/268 | NT | 100% | coding (3135/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| ? | NC_000913 | 4188511 = | 0 (0.000) | coding (3163/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit | |||||
AGTACCTTACGGTGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCATTACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTAC > NC_000913/4188336‑4188626 | aGTTCCTTACGGTGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCg < 1:365961‑M1/149‑2 (MQ=255) cTTACGGTGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctg < 1:664538‑M1/149‑7 (MQ=255) cGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggcctgtcttcgctg > 2:400624‑M1/1‑134 (MQ=255) tACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtg > 1:45423‑M1/1‑131 (MQ=255) cTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCGGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCAGGCCGGGTATCAACGAAGTAGGCGGGGTTGTACGCTTTACTGACAAGATCGACGGCCAGAGCggcctgtattcgccggtggg > 2:275734‑M1/1‑129 (MQ=255) ggCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctgttggttc > 2:393314‑M1/1‑127 (MQ=255) gCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttct > 1:147639‑M1/1‑126 (MQ=255) gCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttct < 1:513303‑M1/149‑24 (MQ=255) gCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcctcgctggtggttct > 2:822798‑M1/1‑126 (MQ=255) cGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACGGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctg < 1:358938‑M1/149‑25 (MQ=255) ggCCATGGCTAACCGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGTACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCCTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcctcgctgttggttctggattc < 2:688494‑M1/149‑30 (MQ=255) gATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGTGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACCCTTTACTGACATGATCGACCCCCCGAACggcctgtcatcgctggtcattctggaatccga < 2:539238‑M1/149‑33 (MQ=255) gATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTACAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgc < 2:681183‑M1/149‑33 (MQ=255) aTGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgca < 1:790416‑M1/149‑34 (MQ=255) cAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtac < 2:450509‑M1/149‑42 (MQ=255) cAGGGTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtac < 2:205893‑M1/149‑42 (MQ=255) tGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcag > 1:375238‑M1/1‑103 (MQ=255) tGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCTCTGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtg > 1:819360‑M1/1‑100 (MQ=255) 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ttGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgt > 2:56861‑M1/1‑86 (MQ=255) tGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtc > 1:290703‑M1/1‑85 (MQ=255) gCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGATTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggcttccgcagaacgtaccgcagggggtaaagatctgcgtcc > 2:27505‑M1/1‑84 (MQ=255) aaaCTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctggcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccgg < 1:246164‑M1/149‑68 (MQ=255) aaCTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggc < 2:86700‑M1/149‑69 (MQ=255) 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tttGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccagg > 1:17881‑M1/1‑36 (MQ=255) cGCTTTACTGACATGCTCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgattttcacggtaacgacgttctgatcccaggtaccga < 1:631685‑M1/149‑120 (MQ=255) tttACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggtttccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatat > 1:806176‑M1/1‑27 (MQ=255) tttACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatat < 2:659002‑M1/149‑123 (MQ=255) tACTGACATGATCGACGGCCAGACCtgtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgc < 1:528225‑M1/149‑125 (MQ=255) ccgacATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgcca < 1:56861‑M1/147‑127 (MQ=255) aCATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgccagcg > 1:630547‑M1/1‑20 (MQ=255) aCATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttagctcacagttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgccagcg > 1:847774‑M1/1‑20 (MQ=255) aTCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccggtatgccagcgcagta > 1:12917‑M1/1‑15 (MQ=255) aTCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgccagcgcagta > 1:648920‑M1/1‑15 (MQ=255) aTCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgccagcgcagta > 2:277457‑M1/1‑15 (MQ=255) ccAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgccagcgcagtacttcctgc > 2:378978‑M1/1‑7 (MQ=255) cAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgccagcgcagtacttcctgcc > 1:356173‑M1/1‑6 (MQ=255) | AGTACCTTACGGTGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCATTACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTAC > NC_000913/4188336‑4188626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |