| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,508,694 | A→T | 14.3% | pseudogene (250/267 nt) | insM ← | pseudogene, IS600 transposase;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,508,694 | 0 | A | T | 14.3% | 122.6 / 3.0 | 53 | pseudogene (250/267 nt) | insM | pseudogene, IS600 transposase;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/26); new base T (6/2); total (25/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGA > NC_000913/4508548‑4508839 | cTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAata > 2:136562/1‑149 (MQ=34) gAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAatata > 1:7938/1‑149 (MQ=35) ggCCTGTTCCGTTTTAACAAAATTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAt‑c < 2:81916/148‑1 (MQ=11) tGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTCCAGTTGCTTTTTTTAGTATGT‑TTCGc > 1:225335/1‑149 (MQ=255) ttcCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAg > 2:447120/1‑149 (MQ=255) ccATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCCTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACGAATTGAAGCTACAGGTGCTTTTTTTATTATAT‑CTCGCTTCAAGCGAGCt > 2:416555/1‑149 (MQ=14) gTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCAtt < 1:692281/149‑1 (MQ=255) ttCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAACACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTGTTTATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCAttt < 2:610065/149‑1 (MQ=255) aaaaaCAGAGGCTTTTTCCTCTTCTGTAAATGGTCGCCTAATTCAAACCACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAAc < 1:479746/149‑1 (MQ=18) gCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGGTGCTTTTTTTAATATAT‑CTTGCTCAAGGCGAGGTTCATTTAACGCCTTACGCa > 1:782083/1‑149 (MQ=255) cTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAg < 2:82161/149‑1 (MQ=255) cTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCACATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTATTATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAg < 2:568742/149‑1 (MQ=255) tctGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGaa > 2:173368/1‑149 (MQ=255) cttctgTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCCGTTTCAGAAt < 2:437215/146‑1 (MQ=255) cttctgTAAATATTCATCTCGTTCGAATGGCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAAt < 1:156117/146‑1 (MQ=21) tgTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCa < 2:684877/149‑1 (MQ=255) gTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATCT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTGATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAg > 1:162018/1‑149 (MQ=255) aaaTGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGCTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTGATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCTGTTGCAGAATTTCAGAt < 2:633562/149‑1 (MQ=255) gTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACACCACGTTATCACTTAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCa < 1:448473/149‑1 (MQ=255) cGTCTCATTCAAAATGCCTCCTCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGtt < 2:650605/149‑1 (MQ=255) cGTCTCATTCAAAAATCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACGGGTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGtt < 1:568641/149‑1 (MQ=255) tctcATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCAGGCTTGAGTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCCGATTCCAGTTCa > 1:374271/1‑149 (MQ=21) tcATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATACCCGGTC‑ATGCTTGCTTCCTTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAACTTCCAGTTCAGc > 1:200079/1‑149 (MQ=18) tcATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGc < 1:283672/149‑1 (MQ=255) tCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCGGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCAcc > 2:685979/1‑149 (MQ=255) tCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCAcc > 1:6442/1‑149 (MQ=255) tCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTACAGACAACGCCTGACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCATGTCAGCCAcc > 1:281559/1‑149 (MQ=21) tCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAATTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGTGAGCTAGTTTGTACACGAGATGCAGTTGCAGAATTTAAGATTCCCGTTCAGCCAcc > 1:281358/1‑149 (MQ=18) cAAAAACCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATACTTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCg < 1:132991/149‑1 (MQ=255) atccTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCgg < 1:467064/147‑1 (MQ=255) aaCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCgg < 1:425269/149‑1 (MQ=255) tCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCCGATTCCAGTTAAGCCACCGTCCGCGatc > 2:854507/1‑147 (MQ=255) tCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAAc < 1:357445/149‑1 (MQ=255) agCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGCTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTTTTTTTT‑TTTGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAAAGTCTTTCGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCa > 2:626764/2‑149 (MQ=25) 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ttttCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGc > 2:358771/1‑149 (MQ=255) ttCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTTTTTTTT‑TTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCTGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTTCGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTAGCGGGccc > 2:250600/1‑149 (MQ=37) tCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGCGTACCGAGCCCt > 1:49420/1‑149 (MQ=255) caTAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCtttt < 2:7938/149‑1 (MQ=255) tAACTGTTGCGTTGACTAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCt < 1:124408/149‑1 (MQ=255) tAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCt < 1:540625/149‑1 (MQ=255) cTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAATCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTggc < 1:429550/149‑1 (MQ=255) gTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCGGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTa > 1:693768/1‑149 (MQ=255) aTTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTTTTTTTT‑TTCGCGCAAGGAGAGCTGCATTTAACGCCTTACGCGGTTGCAGAGTTTCAGATTCCGGTTCCCCCACCGTTCGGGAACCTGGCGTGCCTGTTCTTTTTTTGCCGGCGGATACCCAttt > 2:657236/1‑148 (MQ=255) ttGAATCTACAGTTGCTTTTTTTTTTTTTT‑TTTGCTCAAAGAGAGCATCATTTAACGTCTTTCGCGGTTTCAGATTTTCAGATTCGCGTTTCGCCTCCGTTCGGGAACCAGGGGTATCTTGCTCTTTTCTGTCGCCTGTAAACCAATGt > 2:620065/1‑149 (MQ=255) cTACAGTTGCTTCTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACCCCTTACGCAGTTGCAGAAGTTCATATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCGTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTaaa < 2:643861/149‑1 (MQ=255) tACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAg < 1:767121/149‑1 (MQ=255) tttttAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGa > 1:41674/1‑149 (MQ=255) ttttAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTGACAGGCGGTGCGAGAGTGCCTTCAgggg > 2:640994/1‑147 (MQ=255) tttAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAag < 1:173368/149‑1 (MQ=255) ttAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAaga < 1:774757/149‑1 (MQ=255) | CTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAT‑CTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGA > NC_000913/4508548‑4508839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |