| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,501,610 | G→A | 5.6% | L161L (CTG→CTA) | ypdC → | putative DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,501,610 | 0 | G | A | 5.6% | 213.4 / 3.1 | 71 | L161L (CTG→CTA) | ypdC | putative DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/34); new base A (2/2); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
CACCACGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGTTTTTTAATATCACGC > NC_000913/2501463‑2501758 | caccacGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTtgctgc < 2:759075/149‑1 (MQ=255)caccacGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTtgctgc > 2:247574/1‑149 (MQ=255) gtcgtTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCttt < 1:250187/149‑1 (MQ=255) ttgttgCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCg > 2:1336065/1‑149 (MQ=255) ttgttgCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCg > 1:1160525/1‑149 (MQ=255) ttggtgCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCg < 2:226913/149‑1 (MQ=255) ttgCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGCAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGATGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAg > 2:696813/1‑149 (MQ=255) ttgCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTac > 2:1446147/1‑148 (MQ=255) 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aTCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAg < 1:1165544/149‑1 (MQ=255) tCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAgg < 1:51905/149‑1 (MQ=255) ttAGCCTGTCGCCGCTGGCGCAGAATATCATTCAGGCGCTGGTGTTACGTTTGCGGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGAt < 2:549668/149‑1 (MQ=255) gTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTAt < 1:503401/149‑1 (MQ=255) gAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCt > 2:1051340/1‑149 (MQ=255) 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cATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCgaga < 1:1336065/149‑1 (MQ=255) ttCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGc > 1:1183305/1‑149 (MQ=255) cAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTACATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGt < 2:607596/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTACATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGt < 2:607588/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTgg < 1:319171/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTCCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTgg < 2:931960/149‑1 (MQ=255) cGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCCTTTGTAACTGGGTTCAGGACAAGTATGCACAGCCGCTCACCCCCGAGAGCgagagg > 1:458553/1‑144 (MQ=255) ggTGTTAAGTTGGCTGCATCTTTGCCGTAGCGCGGTGAATAGGCCGGCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCCCAGCATTTTTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCCCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGt < 2:393455/149‑1 (MQ=255) ttAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGCTTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGttttt > 2:663610/1‑149 (MQ=255) aGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGTTTTTTaa < 1:254973/149‑1 (MQ=255) gcATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGTTTTTTAATATCACGc < 1:636037/149‑1 (MQ=255) | CACCACGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGTTTTTTAATATCACGC > NC_000913/2501463‑2501758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |