| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,436,814 | G→A | 5.8% | R100H (CGC→CAC) | trkA → | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,436,814 | 0 | G | A | 5.8% | 306.0 / 6.1 | 106 | R100H (CGC→CAC) | trkA | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/46); new base A (3/3); total (57/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGCT > NC_000913/3436666‑3436962 | cATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCg > 2:821135/1‑149 (MQ=255) tGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGcc > 2:1172457/1‑148 (MQ=255) tGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCt < 1:529587/149‑1 (MQ=255) ctctCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCAc < 1:1043106/149‑1 (MQ=255) ctcATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCa > 2:254570/1‑149 (MQ=255) cATCCCCGCGTATTGCGGGAGGCAGGCGCCGACGACGCCGAGGTGCTGGTTGCTCTAACCGTTTTAGGTTAAACCTATTGGGTTGCCTGTCAGGTAGCCTACTCACGTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGa < 2:1212937/149‑1 (MQ=255) cATCCACGCGTTTTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGa < 2:1374863/149‑1 (MQ=255) cATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGa < 2:937505/149‑1 (MQ=255) cATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGa < 1:637586/149‑1 (MQ=255) cATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTCGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGa < 1:522037/149‑1 (MQ=255) aCGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCCCTTTTCAACACCCCTACTCGCCTCGCCCGTATCCGCTCCCCAGACTCCg > 1:237544/1‑149 (MQ=255) aCGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACg > 2:1015129/1‑149 (MQ=255) aCGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCCCACCAGCCTACg > 2:763469/1‑149 (MQ=255) 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ttttCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGCTTggg > 1:386582/1‑147 (MQ=255) ttttCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAg > 1:426068/1‑149 (MQ=255) ttCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTa > 1:1120618/1‑149 (MQ=255) acCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCgg > 1:917346/1‑149 (MQ=255) ccTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGgcgc < 2:587004/149‑1 (MQ=255) ccTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGgcgc > 1:1397119/1‑149 (MQ=255) ccTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGgcgc > 1:267437/1‑149 (MQ=255) cTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCa > 1:1101505/1‑149 (MQ=255) cgcctcgcTCGTATCTGTCCACCCGACTACGTGCGCGATGCCGTTAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGAACGCACCAGAGCAATTGGTTACCGATAATATTGACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCa < 2:90053/149‑1 (MQ=255) cgcatcgcTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCa < 1:1172457/149‑1 (MQ=255) gcctcgcCCGTAACCGCTCCCCAGACTACGCGGGTGAGGCCGACAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCACAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGACTATCCCGGCGCATTGCAg < 1:759818/146‑1 (MQ=255) atcgcTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAggt > 2:1375756/1‑149 (MQ=255) atcgcTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATACCGGCGCATTGCAggt > 2:81694/1‑149 (MQ=255) atcgcTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTCGGTTATCGGTCATCTTTGCCGACTGATGGAGTATCCCGGCCCAtcacagcg > 2:662453/1‑142 (MQ=255) tcgcGCGTATCCGCTCACCAGACTACGGGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAggtg < 2:685897/149‑1 (MQ=255) cgcTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTCCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATAATCAGCTTTCATAAAATCAGTTGGTTATCGAAAATATTTACCGACTGATTGAATATCCCGGCGCATTGCAggtgg < 2:1396059/149‑1 (MQ=255) gcTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCTGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCTGGCGCATTGCAggtggt < 2:1074503/149‑1 (MQ=255) tCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGa > 1:362967/1‑149 (MQ=255) cGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTCGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGaa < 2:936456/149‑1 (MQ=255) tgccGCTCACCAGACTACGGGCTCGATGCTGCTAAGCTATTTCCTTCAGATGTTGGGGCGATTGATCGTCTGAGCGCACCAGAGCTGTTGGTTATCGATAATATTTATCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACtt < 2:441160/147‑1 (MQ=255) ccGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACCGATAAAGAAATTCGGCTCATTGCAGGTGGTGAACTTCg > 2:664919/1‑149 (MQ=255) gCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGACAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAAAGCAGTTGGTTACCGACAATATTTACCGCCTGAGTGAGTATCCCGGCGCAATGCAGGTGGTGAACCTCGcc > 2:1163919/1‑148 (MQ=255) | CATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGCT > NC_000913/3436666‑3436962 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |