| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,298,252 | T→C | 6.3% | intergenic (‑131/‑346) | adhE ← / → ychE | fused acetaldehyde‑CoA dehydrogenase/iron‑dependent alcohol dehydrogenase/pyruvate‑formate lyase deactivase/UPF0056 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,298,252 | 0 | T | C | 6.3% | 177.0 / 2.5 | 63 | intergenic (‑131/‑346) | adhE/ychE | fused acetaldehyde‑CoA dehydrogenase/iron‑dependent alcohol dehydrogenase/pyruvate‑formate lyase deactivase/UPF0056 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/28); new base C (2/2); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
TTAGTAACAGCCATAATGCTCTCCTGATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACCTTTCAGCATCGCTTTTCGCCA > NC_000913/1298108‑1298399 | ctAGTAACAGCCATAATGCTCTCCTCATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTTCTTCCCCTATTAAAATCAAATGCTTACTCGCGCTTGCACTCACTGTGATTTACt < 1:1068115/148‑1 (MQ=255) aaCGGCCATTATGCTCTCCTGGTAATGTTGAGCTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGAGTTACTAAAag < 2:264123/149‑1 (MQ=255) aCAGCCATAATGCTCTCCTTATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAaga < 1:389087/149‑1 (MQ=255) aCAGCAATAATGCGCACCTGATAAGGTTAATCTGTTTTAGTACTGCATCTGCCAGTTTACGCGCTTATAGTCAGTTCGGTGCTGCTTTCCTTTACCTATGACAATCAAACGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAaga < 2:666410/149‑1 (MQ=255) cATAATGCTCTCCTGATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTa < 1:131547/149‑1 (MQ=255) tAATGCTCTCCTGATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTGACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTaaa < 2:780097/149‑1 (MQ=255) ctctCCTGCTCATGTTACACTTTTTTAGTCAATCATCTGCTCTAATACTAGAGTATAGTCAGGGCGGTGATGCTTTGTTTAACCCATGCACATCAAAAGCTTACCCGCGCGCACACTTACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTa < 2:130774/149‑1 (MQ=255) ctctCCTGATCATGGTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCCAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGGGATGATTGGCTTAACCTATTAAAATCAATAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTa < 1:302016/149‑1 (MQ=255) ctctCCTGATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTa > 1:288202/1‑149 (MQ=255) tcCTGATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTagag > 2:814973/1‑149 (MQ=255) tGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAGAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTAtct > 1:1090603/1‑149 (MQ=255) tGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTAtct > 2:541233/1‑149 (MQ=255) tGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTAtct > 2:541062/1‑149 (MQ=255) gTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTAtctc > 1:838650/1‑149 (MQ=255) gTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGATTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACGCTCACTGGGATTTACTAAAAGAGTTTAAGCATTAGAGGTATTAtctc > 2:431069/1‑149 (MQ=255) ttAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGGGTTTAAACATTAGAGTTATTATatct > 2:157869/1‑149 (MQ=255) ttAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATctct > 1:410119/1‑149 (MQ=255) ttttttAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCg < 2:1340809/149‑1 (MQ=255) tttttGGTATATGATCTGCTCGGATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGt < 1:1120247/149‑1 (MQ=255) tttttAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGt < 2:787808/149‑1 (MQ=255) ttttAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTc < 2:831900/149‑1 (MQ=255) tttAGTAAATCATCTGCTCGAATACGATAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCa < 2:1279631/149‑1 (MQ=255) tttAGGAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCa < 1:721825/149‑1 (MQ=255) 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atcTGCTCGAATAGGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTgg > 2:1010873/1‑149 (MQ=255) atcTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTgg < 2:103826/149‑1 (MQ=255) gatCGAATACGAGAGGAAAGTCAGTACGTTGATGATTTGCTTAACCTAGGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTa > 2:856165/3‑149 (MQ=255) aCGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGAt < 1:1015870/149‑1 (MQ=255) gagaGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTa > 1:675483/1‑149 (MQ=255) 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atgatTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGAACTGATTa > 2:972639/1‑149 (MQ=255) tgatTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTAc < 1:563115/149‑1 (MQ=255) tgatTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTCCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTAc > 1:526489/1‑149 (MQ=255) atTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGt > 2:1139422/1‑149 (MQ=255) tttGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTg < 1:814973/149‑1 (MQ=255) 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tGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCcaaatcaaat < 2:1423851/149‑1 (MQ=255) aaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAAttttt < 2:781857/149‑1 (MQ=255) cAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTCATGCGTCACTTCCAGGTAGCGTAACCAAGATTACTCACTTCTGGGTGATGATTACGTGGTCCAAACAAACTTTTTGCa > 2:157864/1‑149 (MQ=255) aaaaGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTCCTGGTGCCCGCTTACCTGATCCGAAACAAAATTTTGCaa > 2:1322619/1‑149 (MQ=255) aaaGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTAATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCaaa > 2:134207/1‑149 (MQ=255) aaGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCaaac > 2:137728/1‑148 (MQ=255) ttACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGa < 1:321146/149‑1 (MQ=255) aCTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGaca > 1:390815/1‑149 (MQ=255) aCTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGaca > 2:642180/1‑149 (MQ=255) aCTCGCGCTCACACTCAATGTGATTTACCAAAAGCGTTTACACATTAGAATTAATATCTCTAATGAGTCACTTCCATGTGGCGTAAGCAAGATTACGCACTTCTGTGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGaca < 2:347178/149‑1 (MQ=255) 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tttACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACCTTTCAGCATCGCTTTTCGCCa < 2:288202/149‑1 (MQ=255) tttACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACCTTTCAGCATCGCTTTTCGCCa > 2:1138602/1‑149 (MQ=255) tttACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTAGAAAGCTGACACCTTTCAGCATCGCTTTTCGCCa < 2:675483/149‑1 (MQ=255) | TTAGTAACAGCCATAATGCTCTCCTGATAATGTTAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACCTTTCAGCATCGCTTTTCGCCA > NC_000913/1298108‑1298399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |