| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,304,796 | T→C | 11.6% | intergenic (+405/+310) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,796 | 0 | T | C | 11.6% | 161.4 / 8.8 | 91 | intergenic (+405/+310) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/32); new base C (9/4); total (55/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTC > NC_000913/2304650‑2304943 | aTAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc < 1:430756/149‑1 (MQ=38) gCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCACGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc < 1:1536834/149‑1 (MQ=255) ggTCACGCCCCATCCGACATCTTACGCCCGAGCCGGTTGCCGGCTGCGACGCTGGCGCGCCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCACATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg < 2:43371/149‑1 (MQ=11) 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cgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa < 2:1539107/149‑1 (MQ=39) gcAACCGGCATCCAAACCCCAACCCGCTTGCCTCATCCGACGCTGGCTCGTCCGATCAGGGCTAAACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGAt < 2:423296/149‑1 (MQ=11) cctCCGACATCCACCGCCCACGCCGGTCGCCTGGTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 2:680391/147‑1 (MQ=14) aTCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGGGCCCCACCCCGTAGGTTGGATGAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg > 2:1566502/1‑149 (MQ=255) aTCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCACGCCCCCTGCGACATGCTCCACGCCCTAGGTTGGGTAAGACGGTTTCCCCCAATGCGACATCCAACGTCGGCGCCGGTTGCCTAAAGCGACGcag > 2:664497/1‑147 (MQ=2) 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cATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTGACGCCCGAGCCGGTTGCCTGTTg > 1:399497/1‑149 (MQ=12) cATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg > 1:1485574/1‑149 (MQ=32) tCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑CCCCCGCTGCGAAGTGCTCCACCCCGTCGGGCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACACCTAACGCCCAAGCCGGACGCCTGagacc > 2:1406249/1‑145 (MQ=11) aTCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCACCGCCCAAGCCGTTGGCCTGATGCGGCGCTg > 2:607907/1‑149 (MQ=11) aTCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCCTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCAAAGCCGGTTGCCTGATGCGagactg > 1:1256356/1‑144 (MQ=255) tCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACCTCTAACGGCCGAGCCGGTTGCCTGGTGCGACGCTgg > 1:856128/1‑149 (MQ=255) aaCGTCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 1:530695/1‑149 (MQ=17) aaCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:336346/43‑1 (MQ=38) aaCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCAGCCACGACGTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTCATGCGCCGCTGgcgc > 2:1747017/1‑149 (MQ=11) aCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 1:1552383/37‑1 (MQ=40) aCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 1:364743/1‑149 (MQ=32) cGTCCGCGCGGGTTGTCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGTTGTGCTCCTCCTCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGGATCCGACTTCTTACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 2:777205/149‑1 (MQ=11) gTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc > 1:1193611/1‑149 (MQ=31) gTCCGAGCCGGTCGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTAACTTTGACG‑GGATTGCTCCACCCTCTATGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc < 1:1698862/149‑1 (MQ=11) | ATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTC > NC_000913/2304650‑2304943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |