| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,411,410 | G→T | 5.8% | intergenic (‑58/+29) | yfbS ← / ← yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,411,410 | 0 | G | T | 5.8% | 374.6 / 8.3 | 103 | intergenic (‑58/+29) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/47); new base T (2/4); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAATGAC > NC_000913/2411267‑2411558 | cGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACggg < 2:1090529/149‑1 (MQ=255) tCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATTAAAGAACCCAAATCAGTTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGTCTCGTCGGGGCtt < 1:639091/149‑2 (MQ=255) tCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTa > 3:617675/1‑149 (MQ=255) 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4:855837/1‑149 (MQ=255) ttCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCt < 2:653451/149‑1 (MQ=255) ccATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCgg > 3:661198/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCgg < 1:1134552/134‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGc < 4:223957/149‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGc < 2:1073450/149‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGc < 4:617675/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCg > 2:437114/1‑149 (MQ=255) tttaGCCCCGTCTCGTCGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGtt > 3:927180/4‑149 (MQ=255) cccGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGc < 4:661198/149‑1 (MQ=255) ccGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCa > 4:426607/1‑102 (MQ=255) ccGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCa < 3:426607/102‑1 (MQ=255) ccGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCa > 4:183920/1‑149 (MQ=255) cgacgaGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCaa < 4:66266/149‑1 (MQ=255) cgacgaGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCaa < 1:892112/149‑1 (MQ=255) cgaGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAatga < 2:604065/149‑1 (MQ=255) cgaGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAatga < 3:183920/149‑1 (MQ=255) gagaCGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAatgac > 1:265356/1‑149 (MQ=255) gagaCGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAatgac > 3:494419/1‑149 (MQ=255) | ACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAATGAC > NC_000913/2411267‑2411558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |