| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,219,179 | T→A | 5.8% | intergenic (‑103/‑315) | aer ← / → patA | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component/putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,219,179 | 0 | T | A | 5.8% | 306.0 / 6.7 | 86 | intergenic (‑103/‑315) | aer/patA | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component/putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/44); new base A (3/2); total (40/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGATTTAAACACAAATCTAATTCCTTGATTTAAAATACTTTCACTCTGTTACTATACGAAAACGTTAATTATCTTGCCCAAAAATCAGGCAATTATTGCCCTGAAAACGTGCATTTGCGCAGCAATCATCAAATCCATACCCGA > NC_000913/3219037‑3219326 | gCGGGGTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGa < 3:532282/149‑1 (MQ=255) gggTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGAttt > 2:760034/1‑149 (MQ=255) gTATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGATTTaa > 4:626830/1‑149 (MQ=255) tATTTTGCTGGGTGACATACGGATGAGAAGACATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGATTTaaa < 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gATGAGAAGACATGGTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGATTTAAACACAAATCTAATTCCTTGAtt > 3:81519/1‑149 (MQ=255) gaagaCATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAAATCGCAAATTGCGAtc < 1:247587/119‑2 (MQ=255) gaagaCATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAAATCGCAAATTGCGAtc > 2:247587/1‑118 (MQ=255) aCATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTGCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTATCCGAGTAATTTGATTTAGGTCGCAATTTGCGATTTAAGCAGAAATCTAATTCCTTGATTTAAAATACt < 2:508004/149‑1 (MQ=255) cATGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGATTTAAACACAAATCTAATTCCTTGATTTAAAATACtt < 4:525700/149‑1 (MQ=255) aTGTTCGCGTCCTGTGCAGGTTATATGGTTGTTAACTTCTTGTCAGAGTTTATGTCGGCCCCGCTGCGGTTATCTTTAACCGATTAATTTGATTTAGATCGCAATTTGCGATTTAAACACAAATCTAATTCCTTGATTTAAAATACttt < 1:1114880/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |