| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,722,300 | 0 | G | T | 5.6% | 694.4 / 20.8 | 195 | intergenic (+195/+28) | sokA/glyS | pseudogene, sRNA antisense regulator blocking mokA/hokA translation/glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/74); new base T (6/5); total (116/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGAAA > NC_000913/3722152‑3722448 | cccGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAg < 2:238473/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGa < 1:604152/149‑1 (MQ=255) gTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATg < 4:519430/149‑1 (MQ=255) 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3:331661/1‑149 (MQ=255) gCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCgaa < 3:202505/149‑1 (MQ=255) gCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCgaa > 4:845475/1‑149 (MQ=255) gCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCgaa > 1:145975/1‑149 (MQ=255) aGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCgaagaa > 1:963619/1‑149 (MQ=255) gATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGaaa < 2:998786/149‑1 (MQ=255) | CCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGAAA > NC_000913/3722152‑3722448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |