| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,062,371 | A→T | 6.6% | N42I (AAT→ATT) | yihN → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,062,371 | 0 | A | T | 6.6% | 422.7 / 14.3 | 122 | N42I (AAT→ATT) | yihN | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/56); new base T (4/4); total (62/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTGAC > NC_000913/4062226‑4062518 | aaaaaTCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATgg < 2:132877/149‑1 (MQ=255) aaaTCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTc < 4:1114283/149‑1 (MQ=255) tCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCaaa < 2:78752/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTgg > 4:1125855/1‑149 (MQ=255) ttaccATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTCTGTCGGTAAACTCATTTGTCAGCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGTAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTgg < 4:707293/146‑1 (MQ=255) aaTTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCAt < 4:1077162/112‑1 (MQ=255) aaTTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGgtgt < 3:512696/148‑1 (MQ=255) aaTTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGgtga > 3:179385/2‑148 (MQ=255) aTTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGtt > 3:170405/1‑149 (MQ=255) aTTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGtt > 2:926465/1‑149 (MQ=255) tttGACCAGTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGttt > 2:407272/1‑149 (MQ=255) tttGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGttt > 2:993070/1‑149 (MQ=255) cAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACa < 1:705668/127‑1 (MQ=255) cAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTga < 2:916031/149‑1 (MQ=255) cAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTga < 2:612265/149‑1 (MQ=255) cAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTga > 2:120034/1‑149 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgac > 3:128539/1‑149 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgac > 3:589133/1‑149 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgac < 4:33430/149‑1 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgac < 1:263504/149‑1 (MQ=255) | AAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTGAC > NC_000913/4062226‑4062518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |