| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,901,947 | T→G | 29.6% | intergenic (‑362/‑101) | yoaE ← / → manX | putative membrane protein/conserved protein/fused mannose‑specific PTS enzymes: IIA component/IIB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,901,947 | 0 | T | G | 29.6% | 97.4 / 79.9 | 78 | intergenic (‑362/‑101) | yoaE/manX | putative membrane protein/conserved protein/fused mannose‑specific PTS enzymes: IIA component/IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/35); new base G (11/12); total (31/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
TGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATTGTGGACGACGATTCAAAAATACATCTGGCACGTTGAGGTGTTAACGATAATAAAGGAGGTAGCAAGTGACCATTGCTATTGTTATAGGCACACATGGTTGGGCTGCAGAG > NC_000913/1901802‑1902092 | tGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGtttt > 2:827324/1‑149 (MQ=255) gCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATACAATAATTCTTTCGATATCTAAAATAAATCGCCAAACGCAGGGGTTTTTg < 4:534846/149‑1 (MQ=255) cAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGGTTTTgg > 1:785171/1‑149 (MQ=255) aaaGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGt 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< 2:171095/134‑1 (MQ=255) gACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGGTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATtgt > 3:331186/1‑149 (MQ=255) gACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGGTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATtgt > 2:6310/1‑149 (MQ=255) aCAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGGTTTTGGTTGTAGccc > 3:362828/1‑126 (MQ=255) aCAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGGTTTTGGTTGTAGccc < 4:362828/126‑1 (MQ=255) aCAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGGTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATtgtg < 2:120369/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |