| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,476,585 | G→A | 5.1% | intergenic (‑145/+22) | yheO ← / ← fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,476,585 | 0 | G | A | 5.1% | 266.3 / 3.0 | 79 | intergenic (‑145/+22) | yheO/fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/40); new base A (2/2); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
ATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATCCCC > NC_000913/3476439‑3476727 | aTGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTc < 1:705925/149‑1 (MQ=255) tGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCa > 3:213872/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAggcg > 3:566330/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAggcg > 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ataaAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAAtt > 3:379639/1‑149 (MQ=255) ataaAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAAtt > 1:27827/1‑149 (MQ=255) attaagaaCCGCCGCCTGACCAGGCGGCGGTTTTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTc > 4:657646/7‑149 (MQ=39) aaaaaCCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGt < 3:610810/149‑1 (MQ=255) aaaaaCCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGt < 4:196199/149‑1 (MQ=255) 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aaaCCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTgg < 2:437424/149‑1 (MQ=255) cgccTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATcccc < 1:354096/149‑1 (MQ=255) | ATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATCCCC > NC_000913/3476439‑3476727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |