| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 172,913 | G→A | 6.2% | M484I (ATG→ATA) | fhuB → | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 172,913 | 0 | G | A | 6.2% | 2391.2 / 94.8 | 755 | M484I (ATG→ATA) | fhuB | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (363/343); new base A (26/21); total (391/364) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 766 total aligned reads displayed.
TGGTGTTGATGCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTT > NC_000913/172765‑173061 | gCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCa > 2:2997340/1‑149 (MQ=255) gCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCa > 2:378400/1‑149 (MQ=255) gCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCa > 4:547308/1‑149 (MQ=255) tGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCAcc > 1:6797377/1‑149 (MQ=255) tttCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACcgc > 3:1258660/1‑149 (MQ=255) tttCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACcgc > 2:5501832/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACcgcg > 3:2853999/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACcgcg > 2:3677416/1‑149 (MQ=255) 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gCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGc < 2:1601499/126‑1 (MQ=255) gCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTtgat > 1:6260637/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTc < 4:1797143/133‑1 (MQ=255) cTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTtgatga < 4:1258660/149‑1 (MQ=255) cTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGAGTTCACCATGCTTTtgatga > 3:5856978/1‑149 (MQ=255) ttGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGatgatg < 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ccACACCGTATGTTACTGGCGGGGATAGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGa > 1:1862448/1‑133 (MQ=255) ccAAACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTg > 1:1026322/1‑149 (MQ=255) cacaCCGTATGTTACTGGCGGGGATAGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCCGGTCTgg > 2:1372633/1‑149 (MQ=255) acCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGgcgc > 4:6280717/1‑149 (MQ=255) cGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGCGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCAc > 1:3761520/1‑149 (MQ=255) gTATGTTACTGGCGGGGATAGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCAcc > 4:5242395/1‑149 (MQ=255) tGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGa > 1:4911142/1‑149 (MQ=255) gTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCggga > 2:1761231/1‑147 (MQ=255) gTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGaa < 2:2541319/149‑1 (MQ=255) gTTACTGGCGGGGATAGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCaa < 2:3153334/85‑1 (MQ=255) tACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAAtt < 2:855074/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATtgt < 4:1511225/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATtgt < 3:1491074/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGATAGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATtgt < 4:647916/149‑1 (MQ=255) tGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATtgtg > 2:6000978/1‑149 (MQ=255) ggCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGa < 3:6008815/149‑1 (MQ=255) gCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGAt < 1:2004735/149‑1 (MQ=255) cGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATg < 2:7045253/149‑1 (MQ=255) cGGGGATAGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATCTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAAGGGCGCAATTGCTGACCTGGATTTGCGGCTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTATGGCGCACCGGAATTgtggtg < 4:4434152/149‑1 (MQ=255) gggATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGt < 4:6825963/149‑1 (MQ=255) gATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTc > 3:6809557/1‑96 (MQ=255) tGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGAtt > 2:6808845/1‑149 (MQ=255) | TGGTGTTGATGCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCTGTTACCTGCAGGCAGTCTCGGCGCGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTT > NC_000913/172765‑173061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |