| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,418,440 | T→C | 15.8% | C17C (TGT→TGC) | yhdV → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,418,440 | 0 | T | C | 15.8% | 1972.5 / 300.6 | 773 | C17C (TGT→TGC) | yhdV | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (300/350); new base C (57/66); total (357/416) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 787 total aligned reads displayed.
TCCGCAAGATTTATAACCTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAGCTGCTGTTGCTGGCCTGACGATGG > NC_000913/3418292‑3418588 | tcCGCAAGATTTATAACCTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCtgt < 2:6004879/149‑1 (MQ=255) cGCAAGATTTATAACCTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCACATTGCTGGCGGGCTGTGc > 4:4862987/1‑149 (MQ=255) gCAAGATTTATAACCTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCt > 1:1800130/1‑149 (MQ=255) 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taACCTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGc > 2:2258815/1‑149 (MQ=255) cTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCTTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTg > 3:2456509/1‑149 (MQ=255) ggTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGtt < 2:4777089/149‑1 (MQ=255) tGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTcc > 2:2692058/1‑149 (MQ=255) aTAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCgg < 1:128932/149‑1 (MQ=255) 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> 1:6725824/1‑149 (MQ=255) aGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTgg < 3:3454547/149‑1 (MQ=255) aGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTgg < 3:2930304/149‑1 (MQ=255) aGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTgg > 4:364837/1‑149 (MQ=255) gATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTgg > 2:958150/1‑148 (MQ=255) aTTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTgggg > 1:5945830/1‑149 (MQ=255) ttAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGc > 1:3220104/1‑149 (MQ=255) ttCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTAtt < 1:6396781/149‑1 (MQ=255) tgtgGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCcg < 2:6772746/149‑1 (MQ=255) tgtgGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCcg > 4:5489985/1‑149 (MQ=255) tgtgGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCcg > 2:4142278/1‑149 (MQ=255) 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aCCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAgctgc > 1:2688054/1‑149 (MQ=255) ccGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAgctgct > 4:1071732/1‑149 (MQ=255) cATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAGCTGCTGtt < 3:1712178/149‑1 (MQ=255) cATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAGCTGCTGtt < 3:3697415/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAGCTGCTGTTGc > 2:3945972/1‑149 (MQ=255) 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TCCGCAAGATTTATAACCTCCGGTGATAAAATGGCATTCAGCTCGTTAATAAGAGAGTTAACTTATTAAGCGTTAGCGTTTATTACTGAGGTAACACCATGAAAAGATTAATTCCTGTGGCATTGCTCACCGCATTGCTGGCGGGCTGTGCTCACGATTCGCCCTGCGTTCCGGTTTATGACGATCAGGGTCGTCTGGTTCACACCAATACCTGTATGAAAGGCACGACTCAGGATAACTGGGAAACGGCTGGGGCTATTGCCGGCGGGGCAGCTGCTGTTGCTGGCCTGACGATGG > NC_000913/3418292‑3418588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |