| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,130,060 | C→T | 15.1% | Q76* (CAA→TAA) | metL → | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,130,060 | 0 | C | T | 15.1% | 2217.1 / 302.6 | 838 | Q76* (CAA→TAA) | metL | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (396/314); new base T (72/55); total (468/370) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 887 total aligned reads displayed.
GTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGT > NC_000913/4129912‑4130208 | tgtTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTcaaca > 2:2883764/1‑149 (MQ=255) ttATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAATaaa > 2:42366/1‑149 (MQ=255) gCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGc < 4:3349354/149‑1 (MQ=255) 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tatGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTg < 3:160825/149‑1 (MQ=255) tgatgGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAATAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTgaa < 1:1083338/149‑1 (MQ=255) tggtggTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTgaagaa < 3:6194865/149‑1 (MQ=255) tttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAATAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGc > 1:7121038/1‑136 (MQ=255) tttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGAt > 1:1914940/1‑149 (MQ=255) 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tCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAgtgt < 3:1918113/149‑1 (MQ=255) gTTCAATAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGc > 1:3209831/1‑149 (MQ=255) ttCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacgac < 3:244056/137‑1 (MQ=255) ttCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCg > 4:4946986/1‑149 (MQ=255) aacaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGcc < 4:2692386/102‑1 (MQ=255) aacaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGaa < 1:773092/149‑1 (MQ=255) aacaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGaa > 1:5138325/1‑149 (MQ=255) acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAg > 4:3677833/1‑149 (MQ=255) acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAg < 3:1096274/149‑1 (MQ=255) acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAg > 1:2901342/1‑149 (MQ=255) caaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAgt > 4:2994699/1‑149 (MQ=255) caaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAgt > 1:5787282/1‑149 (MQ=255) | GTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGT > NC_000913/4129912‑4130208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |