| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,186,661 | G→A | 18.8% | E438K (GAA→AAA) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,186,661 | 0 | G | A | 18.8% | 2194.5 / inf | 935 | E438K (GAA→AAA) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (361/398); new base A (81/95); total (442/493) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 947 total aligned reads displayed.
TGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTAC > NC_000913/4186513‑4186809 | tCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTAAAc < 3:1117875/149‑1 (MQ=255) tACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTAAACCGGTAc < 1:1285427/149‑1 (MQ=255) accaccATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACt < 3:5740031/149‑1 (MQ=255) ccaccaTTAAATCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTg > 1:5394155/1‑149 (MQ=255) ccaccaTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTg > 2:3320659/1‑149 (MQ=255) accaTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGAt < 1:1476675/149‑1 (MQ=255) accaTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGAt > 2:2151710/1‑149 (MQ=255) accaTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGAt < 1:7152369/149‑1 (MQ=255) accaTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTATCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTAc < 1:999478/145‑1 (MQ=255) accaTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGCTGAGCGCGAAAAAGCTGCCGTTTGGGATATCCTCGACCAAGTTCTCCGCGAACAACCGGTACTGCTGGACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTCGGTTCCCCGGCATTTGAACCGGTACTTAt < 4:4430855/149‑1 (MQ=255) caTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCg > 4:1979369/1‑149 (MQ=255) aTTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGa > 1:6788076/1‑149 (MQ=255) ttAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGaa < 3:4854215/149‑1 (MQ=255) ttAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGaa < 2:3041/149‑1 (MQ=255) cTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTaaa < 1:1006167/149‑1 (MQ=255) tGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAg > 3:6295806/1‑149 (MQ=255) gCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGc < 2:5538365/149‑1 (MQ=255) gaagaaAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTa < 3:135279/149‑1 (MQ=255) gaagaaAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTAAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTa > 1:6018264/1‑149 (MQ=255) ttGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCAc < 3:2558926/149‑1 (MQ=255) gcgAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGACCCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTg < 3:4021681/149‑1 (MQ=255) gaaggaGCTGTCTTTTGCGATATCCTGGCCGAAGTTATCCGCGAACAGCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATTCAGGCATTTGAGCCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGAACCCGCTGGt < 2:4569907/149‑1 (MQ=255) gaagaaGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGt > 2:7150506/1‑149 (MQ=255) agCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTAAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTtgtg < 3:6065087/149‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGc > 3:906485/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGc > 1:1737077/1‑149 (MQ=255) tGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTAAACCGGTACAGATCGAAGGTa < 3:4706013/116‑1 (MQ=255) gTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGc > 2:809399/1‑149 (MQ=255) tGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGATCACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGTACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCCCCCGCTGGTTTGTGCGGCATATaa 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4:705976/113‑1 (MQ=255) ccGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAg > 3:6692954/1‑149 (MQ=255) tCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAgcgc < 4:5778978/149‑1 (MQ=255) tCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAgcgc > 1:6696665/1‑149 (MQ=255) gTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTgcg > 3:437806/1‑149 (MQ=255) tATCCAGGCATTTAAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTgcgc > 1:5806534/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCt < 2:375897/149‑1 (MQ=255) ccAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGAGGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTAGAAGCGCGTGCGCtga < 2:985736/149‑1 (MQ=255) cAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCTCtgat > 4:4024850/1‑149 (MQ=255) cAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgat < 4:6203615/149‑1 (MQ=255) cAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgat > 4:4651120/1‑149 (MQ=255) cAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgat > 1:6392481/1‑149 (MQ=255) aGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGc > 4:4880103/1‑124 (MQ=255) aGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgatg > 3:5458131/1‑149 (MQ=255) aGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgatg > 3:1635051/1‑149 (MQ=255) aGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgatg > 4:3716485/1‑149 (MQ=255) ggCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgatga > 1:3761534/1‑149 (MQ=255) ggCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCtgatga < 2:3496711/149‑1 (MQ=255) gCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTgatgat < 2:2509170/149‑1 (MQ=255) gCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTgatgat < 2:2695382/149‑1 (MQ=255) cATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGatgatg > 1:4980736/1‑149 (MQ=255) aTTTAAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGt > 3:3783556/1‑149 (MQ=255) ttGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCt < 4:6603595/149‑1 (MQ=255) | TGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTAC > NC_000913/4186513‑4186809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |