| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,333,057 | C→T | 6.7% | L21L (CTG→CTA) ‡ | rpmA ← | 50S ribosomal subunit protein L27 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,333,057 | 0 | C | T | 6.7% | 349.2 / 11.5 | 105 | L21L (CTG→CTA) ‡ | rpmA | 50S ribosomal subunit protein L27 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/51); new base T (3/4); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTAC > NC_000913/3332910‑3333201 | ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 2:525505/1‑149 (MQ=255)ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 2:879945/1‑149 (MQ=255)ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 3:437569/1‑149 (MQ=255)ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa < 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tttACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAGTTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCtt > 4:850384/1‑149 (MQ=255) ttACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTc < 1:879945/149‑1 (MQ=255) tACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCt < 1:525505/149‑1 (MQ=255) cTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGccc < 4:374556/125‑1 (MQ=255) cTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGccc > 3:374556/1‑125 (MQ=255) tttAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGAc > 1:1086732/1‑149 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aCGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTctcc > 3:1469909/1‑105 (MQ=255) aCGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTctcc < 4:1469909/105‑1 (MQ=255) gCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTa > 4:1002259/1‑107 (MQ=255) gCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTa < 3:1002259/107‑1 (MQ=255) ccGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAAtttt > 1:1392684/1‑124 (MQ=255) ccGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAAtttt < 2:1392684/124‑1 (MQ=255) aaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGc > 1:1311578/1‑110 (MQ=255) aaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGc < 2:1311578/110‑1 (MQ=255) gCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCctgct > 2:82356/1‑149 (MQ=255) gCTAAACGCCTGGGCGTTAAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAAt < 1:906593/114‑1 (MQ=255) gCTAAACGCCTGGGCGTTAAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAAt > 2:906593/1‑114 (MQ=255) aaCGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAAtct < 2:888970/78‑1 (MQ=255) aaCGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAAtct > 1:888970/1‑78 (MQ=255) cGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTAc < 4:1058066/149‑1 (MQ=255) | TTCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTAC > NC_000913/3332910‑3333201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |