| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,441,061 | G→C | 10.1% | S205S (TCC→TCG) ‡ | rpsD ← | 30S ribosomal subunit protein S4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,441,061 | 0 | G | C | 10.1% | 605.8 / 44.6 | 176 | S205S (TCC→TCG) ‡ | rpsD | 30S ribosomal subunit protein S4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/78); new base C (6/12); total (86/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAGCGGCTT > NC_000913/3440913‑3441209 | gagTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAACCTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGa < 2:1255017/149‑1 (MQ=255) gagTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGa < 1:1007357/149‑1 (MQ=255) gagTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGa < 4:929290/149‑1 (MQ=255) 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tttGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACgc < 2:488731/144‑1 (MQ=255) tttGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACgc > 1:488731/1‑144 (MQ=255) tttGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTc > 1:972361/1‑149 (MQ=255) tAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTccagcc > 4:1049234/1‑119 (MQ=255) aaGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTca < 2:1364637/141‑1 (MQ=255) aGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGca > 3:488805/1‑50 (MQ=255) aGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGca < 4:488805/50‑1 (MQ=255) aGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTcc > 3:1365850/1‑149 (MQ=255) aGCTTTACTCCAAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATc < 4:679785/106‑1 (MQ=255) cTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTcagc > 4:1294782/1‑140 (MQ=255) cTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTcagc < 3:1294782/140‑1 (MQ=255) cTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCag > 4:1226326/1‑149 (MQ=255) tttACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCaga < 2:930424/149‑1 (MQ=255) ttACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCagag > 4:1055163/1‑149 (MQ=255) ttGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAGCGGc > 3:1320302/1‑149 (MQ=255) ttGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAGCGGc > 1:1174123/1‑149 (MQ=255) ggAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAGCGGCtt > 3:580647/1‑149 (MQ=255) | CAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGAGTAAAGCTCGACGATCAGGTGTTCGTTAATGTCCGCAGACAGATCAGAACGCTCCGGCTTACGCTTAAACGTACCTTCCATCTTGCCAGCATCAACTTCCAGCCAGGTTGGCTTTTCACGCTGCTCAGCCAGCTCCAGAGCGGCTT > NC_000913/3440913‑3441209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |