| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,636,748 | G→A | 5.3% | G221G (GGC→GGT) | yhiN ← | putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,636,748 | 0 | G | A | 5.3% | 505.3 / 10.3 | 149 | G221G (GGC→GGT) | yhiN | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/71); new base A (4/4); total (74/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GCTGCTCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGCCACGCCCGCCAGCACCTGTAACTCTTCGAGCAACGGTTTATGCAGAGTGAATGGCACCAGACCCGCGCGGGTCGGCAGCACGTTGAGGCCAAATTGTTCGGCAATCTTA > NC_000913/3636600‑3636889 | gctgctCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTg > 2:1192009/1‑149 (MQ=255) ctgctCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGc < 4:1192017/149‑1 (MQ=255) ctCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGt > 1:62003/1‑149 (MQ=255) ctCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGt < 4:260678/149‑1 (MQ=255) tCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGtt < 1:36944/149‑1 (MQ=255) aTTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGtttt > 1:30317/1‑149 (MQ=255) ggAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCg > 4:93624/1‑149 (MQ=255) aGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGcc < 1:496634/128‑1 (MQ=255) aGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGcc > 2:496634/1‑128 (MQ=255) ccACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGc > 3:1324880/1‑149 (MQ=255) caTCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCAcc > 2:501032/1‑149 (MQ=255) tCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGc > 3:686320/1‑149 (MQ=255) tAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACgg > 4:1018225/1‑134 (MQ=255) tAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACgg < 3:1018225/134‑1 (MQ=255) aGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGcc > 4:542054/1‑113 (MQ=255) gCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAgg > 3:976129/1‑136 (MQ=255) gCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAgg < 4:976129/136‑1 (MQ=255) cTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGCCACGCCCGCCAGCACCTg > 2:700688/1‑149 (MQ=255) gACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGCCAcgcccgcc > 1:451724/1‑139 (MQ=255) aCAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGCCACGCCCGCCAGCACCTGTaa > 4:757334/1‑149 (MQ=255) aCAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGCCACGCCCGCCAGCACCTGTaa < 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GCTGCTCATTCAGGAAGGTTTCGAGGTCCACATCCGGTAGCAGATTGATGCTGACAAATTCCCCCGGTTGCCAGTAGCTTGAAATCTGCAACACCGCCGGTCCAGACAAGCCGCGGTGGGTGAAGAGTAAGTTCTCACGGAAAACGGTGCCGTTTTCAGCGGTAATCACGGAAGGCACCGCCACGCCCGCCAGCACCTGTAACTCTTCGAGCAACGGTTTATGCAGAGTGAATGGCACCAGACCCGCGCGGGTCGGCAGCACGTTGAGGCCAAATTGTTCGGCAATCTTA > NC_000913/3636600‑3636889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |