| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,736,324 | C→T | 10.0% | intergenic (+167/+29) | xylR → / ← bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,736,324 | 0 | C | T | 10.0% | 699.0 / 42.9 | 226 | intergenic (+167/+29) | xylR/bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/95); new base T (11/12); total (119/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTTATAACTCTTCCCTTTGGTCGAGTAGCCCTTCAGCTTGTGAATCATCGCTGTGGCAGTCAC > NC_000913/3736176‑3736472 | aTCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCGTGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtcgg < 2:1448730‑M2/149‑7 (MQ=255) aCGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑TGTCagtcggataa > 3:260686‑M2/1‑135 (MQ=255) cGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtc < 3:608298‑M2/138‑5 (MQ=255) cGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtc > 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tAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACA‑GACAagtcgga > 3:1177901‑M2/1‑75 (MQ=255) aaCGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtcggataa > 3:654514‑M2/1‑72 (MQ=255) aaCGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtcggataa < 4:500658‑M2/82‑11 (MQ=255) aaCGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtcggataa < 4:654514‑M2/82‑11 (MQ=255) aaCGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACAtt < 3:806837/142‑1 (MQ=255) aCCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGGCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGAGAAGGCTCAAGGAAATGCaa < 4:153525/94‑1 (MQ=255) aCCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtcggat < 4:4647‑M2/75‑9 (MQ=255) aCCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCaa > 3:153525/1‑94 (MQ=255) aacaacGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAagtcg > 3:894481‑M2/1‑64 (MQ=255) acGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTtat > 2:1324235/1‑149 (MQ=255) acGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCATTAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCTGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTTGTTATCCTGGTACATTGCCAACAGGTAGTTGTtat > 3:465556/1‑149 (MQ=255) gCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTTATaa < 3:1422306/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑TGTCagtcggataa < 2:379184‑M2/66‑11 (MQ=255) ttCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GAc < 1:346852/55‑1 (MQ=255) ttCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACT‑GACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCt > 1:699747/1‑118 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |